母子公司公用一套系统，在特定情况下可以认定混同用工，但并非绝对，需要结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、混同用工的认定标准

混同用工通常指的是两个或多个用人单位之间存在人员、财务、业务等方面的混同，导致劳动者难以区分其实际用人单位，或者用人单位之间对劳动者的管理、指挥、监督等存在交叉或重叠。在认定混同用工时，法院或仲裁机构会综合考虑多个因素，包括但不限于：

1. 人员混同：母子公司之间是否存在员工交叉任职、共享员工等情况。
2. 财务混同：母子公司之间是否存在资金共用、财务账目不清等情况。
3. 业务混同：母子公司之间是否存在业务范围重叠、业务操作混同等情况。
4. 管理混同：母子公司之间是否存在对劳动者的管理、指挥、监督等存在交叉或重叠的情况。

二、公用系统与混同用工的关系

母子公司公用一套系统，本身并不直接等同于混同用工。系统只是工具，关键在于如何使用这个系统以及系统背后的管理、业务等实际情况。如果母子公司虽然公用一套系统，但在人员、财务、业务、管理等方面保持独立，没有交叉或重叠，那么很难认定存在混同用工。

然而，如果母子公司通过公用系统实现了人员、财务、业务、管理等方面的混同，比如员工在系统中无法区分是为母公司还是子公司工作，财务账目在系统中无法清晰区分，业务操作在系统中存在交叉等，那么这种情况下，公用系统就可能成为认定混同用工的一个重要证据。

三、法律后果与建议

如果认定存在混同用工，那么母子公司可能需要共同承担对劳动者的法律责任，包括但不限于支付工资、加班费、经济补偿金等。这对于母子公司来说，无疑会增加法律风险和经济负担。

因此，我建议母子公司在使用公用系统时，应明确各自的管理边界和业务范围，确保人员、财务、业务、管理等方面的独立性。同时，可以在系统中设置相应的权限和功能，以便劳动者能够清晰区分其实际用人单位和工作内容。如果确实存在混同用工的情况，母子公司应尽快进行整改，以避免不必要的法律风险。

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