公司拖欠工资立案调查后及时付清，其后果主要分为行政处罚的减轻或免除以及可能存在的其他影响两方面，以下为你详细阐述：
行政处罚的减轻或免除
行政处罚的依据：
- 根据《劳动保障监察条例》的相关规定，用人单位若存在克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的行为，由劳动保障行政部门责令其限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金，并可能面临进一步的行政处罚，如罚款等。
及时付清后的后果：
- 如果公司在劳动保障行政部门立案调查后，及时付清了拖欠的工资，那么根据相关规定，劳动保障行政部门可能会根据具体情况，减轻或者免除对公司原本可能面临的加付赔偿金以及罚款等行政处罚。这是因为公司的及时纠正行为表明了其改正错误的诚意，也减少了因拖欠工资给劳动者带来的实际损失。
可能存在的其他影响
信用记录：
- 尽管公司及时付清了拖欠的工资，但此次拖欠行为可能已经被劳动保障行政部门记录在案，并可能影响公司的信用评级或信用记录。这可能会对公司未来的融资、招投标等活动产生一定的负面影响。不过，具体影响程度会因地区、行业以及公司具体情况而异。
劳动者关系：
- 拖欠工资行为本身已经对劳动者与公司之间的信任关系造成了损害。即使公司及时付清了工资，劳动者也可能对公司产生不满或疑虑，这可能影响劳动者的工作积极性和忠诚度，进而对公司的运营和团队氛围产生一定影响。
法律风险防范：
- 公司应以此为契机，加强内部管理，完善工资支付制度，确保未来不再发生拖欠工资的情况。这不仅可以避免再次面临行政处罚和信用损失，还可以提升公司的形象和声誉，增强劳动者的归属感和忠诚度。
建议：公司应严格遵守劳动法律法规，按时足额支付劳动者工资，以维护劳动者的合法权益和公司的良好形象。如果公司确实面临经营困难等特殊情况，应及时与劳动者沟通协商，寻求解决方案，避免拖欠工资等违法行为的发生。如果你或你所在的公司有关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。