建设项目竣工两年后发现未按图施工问题，主管部门是否还能再处罚，取决于具体的法律规定和实际情况。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，建设项目必须按照设计图纸进行施工。如果施工单位未按图施工，将可能面临相应的法律责任，包括但不限于罚款、停工整改等。
- 然而，对于处罚的时效性问题，即竣工后多长时间内主管部门可以处罚，这些法律法规并没有给出明确的规定。这通常需要根据具体的行政法规、地方性法规或者政府规章来确定。
实际情况分析：
- 如果建设项目所在地的行政法规、地方性法规或者政府规章规定了主管部门对未按图施工行为的处罚时效，那么主管部门在时效期内是有权进行处罚的。
- 如果相关法规没有明确规定处罚时效，那么主管部门在发现未按图施工问题后，仍然有权根据实际情况进行调查和处理。但此时，主管部门可能会考虑多种因素，如问题的严重性、施工单位的态度和整改情况、对公共利益的影响等，来决定是否进行处罚以及处罚的轻重。
建议：
- 对于施工单位来说，无论竣工后多长时间，都应该严格按照设计图纸进行施工，确保工程质量和安全。
- 如果发现未按图施工的问题，施工单位应该立即进行整改，并主动向主管部门报告，以减轻可能面临的法律责任。
- 对于主管部门来说，应该加强对建设项目的监管力度，及时发现和处理未按图施工等问题，确保建筑市场的规范和有序。
综上所述，建设项目竣工两年后发现未按图施工问题，主管部门是否还能再处罚并没有一个统一的答案。这需要根据具体的法律规定和实际情况来判断。因此，建议施工单位和主管部门都加强法律意识和规范意识，确保建设项目的顺利进行和建筑市场的健康发展。如果你有更具体的情况或者需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。