当原告是政府机构而负责人是自治部门时，这主要涉及到诉讼主体的资格和诉讼代表人的确定问题，以下从这两个方面进行详细分析：

1. 诉讼主体资格：

   • 政府机构作为原告，通常意味着其是在行使公权力或履行公共管理职能的过程中，认为其合法权益受到了侵害，从而提起诉讼。政府机构作为诉讼主体，具有明确的法律地位和诉讼权利能力。
   • 自治部门，如村民委员会、居民委员会等，是基层群众性自治组织，它们依法管理本居住地区的公共事务和公益事业。在一般情况下，自治部门并不直接作为诉讼主体参与诉讼，除非其依法独立享有民事权利和承担民事义务，或者法律、法规特别授权其可以成为诉讼主体。
   • 若政府机构作为原告提起诉讼，而案件涉及自治部门的管理范围或行为，这并不改变政府机构作为诉讼主体的资格。关键在于政府机构是否因其合法权益受到侵害而提起诉讼，以及该诉讼是否属于法院的受理范围。

2. 诉讼代表人的确定：

   • 在诉讼中，如果原告是政府机构，那么通常由该政府机构的法定代表人或负责人作为诉讼代表人参与诉讼。这里的“负责人”指的是政府机构中依法行使职权、代表政府机构进行诉讼活动的人员。
   • 如果案件涉及自治部门，且自治部门的负责人需要作为证人或其他角色参与诉讼，那么该负责人并不因此成为诉讼的代表人。诉讼代表人仍然是政府机构的法定代表人或其指定的人员。
   • 在特殊情况下，如果自治部门依法被授权可以成为诉讼主体，并且其作为原告或被告参与诉讼，那么该自治部门的负责人将作为诉讼代表人参与诉讼。但这与政府机构作为原告的情况是分开的。

针对您提出的问题，如果政府机构作为原告提起诉讼，而案件涉及自治部门，那么关键在于明确诉讼主体和诉讼代表人：

• 确认政府机构是否因其合法权益受到侵害而提起诉讼，以及该诉讼是否属于法院的受理范围。
• 确定诉讼代表人，通常是政府机构的法定代表人或其指定的人员。如果自治部门需要参与诉讼（如作为证人），则其负责人并不成为诉讼代表人。
• 如果自治部门依法被授权可以成为诉讼主体，并且其作为原告或被告参与与政府机构相关的诉讼，那么需要分别确定各自的诉讼代表人。

在实际操作中，如果遇到此类复杂情况，建议政府机构或自治部门及时咨询专业律师，以确保诉讼活动的合法性和有效性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。