合同中约定“上完课才开发票”的条款，其合法性与有效性需分情况讨论：

1. 从合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百六十五条，合同双方有权在不违反法律强制性规定的前提下，通过协商约定权利义务。若双方自愿达成“完成课程后开具发票”的条款，且该约定未损害国家税收利益或第三方权益，该条款本身具有法律效力。例如，培训机构与学员约定分期付款时，将发票开具与课程进度挂钩，属于合理的商业安排。

2. 从税收管理法规角度
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务的单位或个人，在收款时即负有开具发票的义务。若合同约定“上完课才开发票”导致收款方延迟履行开票义务，可能违反以下情形：

   • 已收款但未开票：若培训机构已收取全部或部分费用，却以“课程未完成”为由拒绝开票，可能构成行政违法，税务机关可责令改正并处罚（《发票管理办法》第三十五条）。
     
   • 未收款但约定延迟开票：若双方明确约定“课程完成后一次性付款并开票”，且未实际发生收款行为，则不违反现行税法，但需注意合同条款需与实际交易流程一致。

3. 从合同履行风险角度
   即使条款合法，若因一方原因导致课程无法完成（如培训机构停业、学员退课），可能引发发票开具争议。建议：

   • 在合同中明确“开票条件”与“退款/违约责任”的衔接条款，例如约定“若课程未完成且已收款，收款方应在收到退款申请后X日内开具红字发票”。
     
   • 避免将开票义务与课程效果挂钩（如“学员通过考试后才开票”），此类约定可能因条件不确定而被认定为无效。

实务建议：

• 若您是付款方（如学员），可要求在合同中增加“分期开票”条款，例如每完成一定课时即开具对应金额发票，以保障自身权益。
  
• 若您是收款方（如培训机构），需确保开票时间与收款时间匹配，避免因延迟开票被税务处罚。
  

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