结论：员工工伤仲裁劳动关系时，企业直接与员工达成协议是否可取，需分情况讨论。在双方对工伤事实和赔偿标准无争议且协议内容合法合理的情况下，直接达成协议是可行的；但若存在争议或协议内容存在瑕疵，则不建议直接达成协议，而应通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决。
分析说明：
双方无争议且协议合法合理的情况：
- 法律背景：根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议发生后，当事人可以协商解决。若企业与员工就工伤事实和赔偿标准均无争议，且双方自愿、平等地达成协议，该协议在内容合法、合理的前提下，是具有法律效力的。
- 建议：在此情况下，企业可以直接与员工达成协议，并确保协议内容明确、具体，包括工伤事实、赔偿项目、赔偿金额、支付方式等，以避免后续纠纷。同时，建议双方将协议进行公证或由律师见证，以增强协议的法律效力。
存在争议或协议内容存在瑕疵的情况：
- 法律风险：若双方对工伤事实或赔偿标准存在争议，或协议内容存在瑕疵（如赔偿金额过低、支付方式不明确等），则直接达成协议可能存在法律风险。员工可能在后续反悔并提起劳动仲裁或诉讼，要求企业承担更高的赔偿责任。
- 建议：在此情况下，不建议企业直接与员工达成协议。而应通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决争议。企业可以积极收集证据，如工伤认定书、医疗费用发票、工资单等，以证明自己的主张。同时，企业也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和应对策略。
后续行动建议：
- 对于企业：在处理工伤纠纷时，应首先确保员工的工伤得到及时、有效的治疗，并积极与员工沟通，了解其诉求。在双方无争议且协议合法合理的情况下，可以与员工直接达成协议；若存在争议或协议内容存在瑕疵，则应通过法律途径解决。
- 对于员工：在发生工伤后，应及时向企业报告并申请工伤认定。若企业拒绝承担赔偿责任或双方对赔偿标准存在争议，员工可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在协商或诉讼过程中，员工应保留好相关证据，如工伤认定书、医疗费用发票等，以证明自己的主张。
特殊场景提醒：
- 若员工伤势严重或存在长期残疾的风险，企业在与员工达成协议时，应特别谨慎。建议在此情况下咨询专业律师，以确保协议内容合法、合理且充分保障员工的权益。
- 若企业未依法为员工缴纳工伤保险费，员工发生工伤后，企业应按照工伤保险待遇项目和标准支付费用。在此情况下，企业更应谨慎处理与员工的协议，避免因协议内容不当而承担更高的赔偿责任。
如有更多关于劳动工伤或交通事故领域的法律问题，欢迎直接向我咨询。