针对您提出的“不按合同清单开发票是否违法”的问题，这确实是一个涉及税务合规和合同管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，发票的开具应当基于真实的业务交易或劳务提供。这是《中华人民共和国发票管理办法》所明确规定的，即销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务收取款项时，收款方有义务向付款方开具发票。这一规定强调了业务真实性的重要性，而非单纯依赖于合同的存在或合同清单的具体内容。
然而，不按合同清单开发票可能涉及违法的情况，主要取决于是否存在虚开发票或违反特定行业规定的行为：
虚开发票：如果开具的发票与实际的业务交易或劳务提供不符，例如虚构交易、夸大交易金额或改变交易性质等，无论是否与合同清单一致，都构成虚开发票的违法行为。虚开发票不仅违反了《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，还可能面临税务机关的严厉处罚，包括没收违法所得、罚款乃至刑事责任。
违反特定行业规定：在某些特定行业或交易场景中，合同清单可能具有特殊的法律意义或商业惯例要求。例如，在政府采购业务中，根据《中华人民共和国政府采购法》的规定，政府采购合同必须采用书面形式，并明确约定采购内容、数量、金额等关键信息。如果在此类情况下，不按合同清单开具发票，可能违反政府采购规定并承担相应的行政责任。
对于一般商业交易，虽然合同清单不是开具发票的唯一依据，但合同作为双方意思表示的明确记录，对于保护双方权益、明确责任划分具有重要意义。因此，建议交易双方在条件允许的情况下尽量签订书面合同，并确保发票的开具与合同内容保持一致。这不仅可以避免未来可能出现的纠纷和风险，还有助于维护良好的商业信誉和税务合规形象。
如果发现不按合同清单开发票的情况，建议您首先与对方进行沟通协商，要求其按照合同内容开具合规的发票。如果协商无果或对方存在恶意违规行为，您可以向当地税务机关举报或寻求法律援助，以维护自己的合法权益和国家税收秩序。
总之，不按合同清单开发票是否违法取决于具体的业务情况和相关法律法规的要求。为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议交易双方严格遵守相关法律法规和商业惯例，确保发票的合规开具和使用。