若政府垫付工资后仍有未支付部分，劳动者可按以下步骤处理：

1. 确认垫付范围与未支付金额
   首先需明确政府垫付的工资范围（如是否仅垫付最低工资、部分月份工资或全额工资）。若垫付金额未覆盖全部应发工资（如加班费、奖金、绩效等），劳动者有权要求用人单位补足差额。
   法律依据：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。政府垫付行为不影响劳动者向用人单位追偿剩余工资的权利。

2. 与用人单位协商或申请劳动仲裁

   • 协商：劳动者可先与用人单位沟通，要求其支付剩余工资，并保留书面沟通记录（如微信、邮件、书面函件等）。
     
   • 劳动仲裁：若协商无果，劳动者可向用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交证据（如劳动合同、工资条、政府垫付证明、沟通记录等），要求用人单位支付剩余工资及可能的经济补偿（如用人单位恶意拖欠导致解除劳动合同的，可主张赔偿金）。
     注意：劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

3. 申请强制执行（若仲裁胜诉但用人单位未履行）
   若仲裁裁决生效后，用人单位仍不支付剩余工资，劳动者可向法院申请强制执行，法院将依法查封、扣押、冻结用人单位财产（如银行账户、设备等）以清偿债务。

4. 特殊情形处理

   • 用人单位破产或无力支付：若用人单位进入破产程序，劳动者需及时向破产管理人申报债权，按《企业破产法》规定的清偿顺序参与分配（工资债权优先于普通债权）。
     
   • 政府垫付存在瑕疵：若政府垫付程序违法（如未依法公示、未足额垫付等），劳动者可向政府相关部门提出异议，要求重新核定垫付金额或补足差额。

建议行动：

• 立即收集与工资支付相关的证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、政府垫付文件等）；
  
• 根据用人单位态度选择协商或直接申请仲裁；
  
• 若涉及复杂情况（如用人单位注销、跨地区用工等），可进一步向我咨询具体操作流程。