结论先行：法院判决已独立评价扣押程序违法后，随后作出的行政处罚是否合法，需结合具体情况分析，若扣押程序违法直接影响了行政处罚的事实认定或法律依据，则该行政处罚很可能不合法；若扣押程序违法并未影响行政处罚的核心要素，则行政处罚的合法性需进一步依据其他证据和法律规定判断。以下从不同角度详细分析：
一、扣押程序违法对行政处罚合法性的直接影响
程序违法导致证据无效：
- 若扣押程序违法，如未依法出示扣押决定书、未告知当事人权利义务、未依法制作扣押清单等，可能导致扣押的物品或文件等证据被认定为非法证据，从而不得作为行政处罚的依据。
- 根据《行政处罚法》及相关司法解释，非法证据不得作为定案的根据。因此，若行政处罚完全或主要基于非法扣押的证据作出，则该行政处罚很可能因证据不足或证据非法而被认定为不合法。
程序违法影响事实认定：
- 扣押程序违法可能影响对案件事实的准确认定。例如，因扣押程序不当导致关键证据遗失或损坏，进而影响对违法行为性质、情节等的判断。
- 若行政处罚的事实认定因扣押程序违法而出现偏差或错误，则该行政处罚的合法性将受到质疑。
二、扣押程序违法对行政处罚合法性的间接影响
程序违法损害当事人权益：
- 扣押程序违法可能损害当事人的合法权益，如财产权、隐私权等。这种损害虽不直接决定行政处罚的合法性，但可能影响当事人对行政处罚的接受度和信任度。
- 在极端情况下，若扣押程序违法导致当事人遭受严重损失，且行政机关未给予合理补偿或救济，则可能引发行政复议或行政诉讼，进而影响行政处罚的最终合法性。
程序违法反映行政机关执法水平：
- 扣押程序违法可能反映行政机关在执法过程中的不规范或不当行为。这种不规范行为虽不直接决定单个行政处罚的合法性，但可能影响行政机关的整体执法形象和公信力。
- 若行政机关在多个案件中均存在扣押程序违法的情况，则可能引发对行政机关执法水平的质疑和监督，进而影响其作出的行政处罚的合法性认可度。
三、行政处罚合法性的综合判断
审查行政处罚的依据：
- 需审查行政处罚是否依据合法有效的法律、法规或规章作出。若依据的法律、法规或规章已失效或被撤销，则行政处罚显然不合法。
- 还需审查行政处罚是否超越了法律、法规或规章规定的权限范围。若超越权限，则行政处罚同样不合法。
审查行政处罚的程序：
- 除扣押程序外，还需审查行政处罚的其他程序是否合法。如是否依法告知当事人权利义务、是否依法举行听证会、是否依法作出处罚决定等。
- 若行政处罚的其他程序也存在违法情况，则可能进一步削弱其合法性。
审查行政处罚的事实认定和证据：
- 需审查行政处罚的事实认定是否准确、全面，证据是否充分、确凿。若事实认定错误或证据不足，则行政处罚的合法性将受到质疑。
- 在此过程中，需特别注意扣押程序违法对事实认定和证据的影响。若扣押程序违法导致关键证据无效或事实认定错误，则行政处罚的合法性很可能因此受到损害。
建议：若您面临此类情况，建议及时收集相关证据材料，包括扣押程序违法的证据、行政处罚决定书等，并向专业律师咨询。律师将根据您的具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为您提供专业的法律意见和辩护策略。有问题可以直接向我咨询，我会尽力为您提供帮助。