判断行政机关作出处理意见是否程序违法，主要依据行政程序的相关法律规定，结合具体行政行为的步骤、方式、顺序和时限等方面进行综合考量。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、程序违法的具体情形
步骤违法：行政机关未按照法律规定的先后顺序实施行政行为。例如，在作出行政处罚决定前，未依法告知当事人陈述、申辩的权利，或者未听取当事人的陈述、申辩。
方式违法：行政机关未采用法律要求的特定形式实施行政行为。如应当采用书面形式而采用了口头形式，或者应当公开进行而未公开进行。
顺序违法：行政机关颠倒了法定的审批流程或处理顺序。例如，在审批建设项目时，未先进行环境影响评价而直接批准建设。
时限违法：行政机关超过了法律规定的办理期限。如行政机关在收到当事人的申请后，未在法定期限内作出答复或决定。
二、判断程序违法的法律依据
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条：明确规定违反法定程序的行政行为应予撤销。这为判断行政行为程序违法提供了直接的法律依据。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条：确立了程序轻微违法确认规则及国家赔偿条款。对于程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响的行政行为，法院可以确认违法但不撤销。
三、程序违法的法律后果
撤销或部分撤销行政行为：若程序违法导致实体决定不公或影响当事人权益，法院可判决撤销该行政行为。例如，某市住建局未依法组织听证即作出许可决定，法院最终撤销了该许可。
确认违法但保留效力：当撤销会给国家利益或公共利益造成重大损失时，法院会确认行为违法但维持其效力。例如，紧急防疫措施虽程序瑕疵，但因保障公共安全需继续执行。
责令履行职责：对程序不作为的机关，法院可要求其限期履行义务。如环保部门逾期未处理污染投诉，法院将责令其立即调查。
赔偿损失：程序违法造成当事人财产损失的，行政机关须承担赔偿责任。例如，因超期扣押导致企业货物损坏，需按实际损失予以补偿。
四、实际操作中的判断要点
审查行政行为的步骤、方式、顺序和时限：对照相关法律法规，审查行政机关在实施行政行为时是否遵循了法定的步骤、方式、顺序和时限。
考虑程序违法对当事人权益的影响：即使行政行为存在程序违法，但如果对当事人的权益没有产生实际影响，法院可能不会判决撤销或确认违法。
关注行政行为的合法性与合理性：程序违法不仅可能影响行政行为的合法性，还可能影响其合理性。在判断时，应综合考虑行政行为的合法性与合理性。
五、建议与注意事项
收集并保存相关证据：如行政决定书、送达回执、沟通记录、现场照片或视频等，以证明行政机关存在程序违法。
及时咨询专业律师：在遇到行政程序违法问题时，建议及时向我咨询，以获取更具体的法律建议和帮助。
注意时效限制：行政诉讼需在知道权利受损之日起6个月内提起，逾期将丧失诉讼权利。
综上所述，判断行政机关作出处理意见是否程序违法，需要综合考虑行政行为的步骤、方式、顺序和时限等方面，并结合相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。