协议中管辖权有异议，并不直接导致协议整体无效。以下是对这一问题的详细分析：

1. 管辖权条款与协议整体效力的关系

• 管辖权条款的独立性：在一份协议中，管辖权条款通常是独立存在的，它规定了如果双方因协议产生争议，应由哪个法院或仲裁机构来管辖。这一条款的存在，主要是为了明确争议解决的方式和地点，便于双方在发生争议时能够迅速、有效地解决。
• 协议整体效力的不受影响性：即使管辖权条款存在争议或被认定为无效，这并不意味着整个协议都无效。协议的其他部分，如双方的权利义务、交易内容等，仍然可能具有法律效力。除非管辖权条款的无效直接影响到协议的核心内容或目的，且这种影响是根本性的，否则协议整体仍然有效。

2. 管辖权条款无效的可能情形

• 违反法定管辖原则：如果管辖权条款违反了法律规定的管辖原则，如级别管辖、地域管辖等，那么该条款可能被认定为无效。但这并不影响协议其他部分的效力。
• 约定不明或无法执行：如果管辖权条款约定不明确，或者由于某种原因（如法院或仲裁机构不存在、无法联系等）导致无法执行，那么该条款也可能被视为无效。同样，这并不影响协议其他部分的法律效力。

3. 对管辖权有异议时的处理方式

• 协商解决：如果双方对管辖权有异议，首先可以尝试通过协商的方式解决。双方可以重新约定管辖权条款，或者达成其他争议解决方式的协议。
• 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径来解决争议。这包括向有管辖权的法院提起诉讼，或者根据协议中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会对管辖权条款的效力进行审查，并作出相应的裁决。

4. 法律建议

• 明确约定管辖权：为了避免因管辖权问题产生争议，建议在签订协议时明确约定管辖权条款。这可以包括选择具体的法院或仲裁机构、约定管辖权的适用法律等。
• 及时咨询专业律师：如果对管辖权条款的效力或适用存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助双方更好地理解和处理管辖权问题。

总结来说，协议中管辖权有异议并不直接导致协议整体无效。双方可以通过协商或法律途径来解决管辖权争议，并在签订协议时明确约定管辖权条款以避免类似问题的发生。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。