最高法院生效调解书确定的以工程款抵房，在符合一定条件下，可以排除执行。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与原则

根据《最高人民法院关于人民法院办理执行异议和复议案件若干问题的规定》第二十八条，金钱债权执行中，买受人对登记在被执行人名下的不动产提出异议，符合下列情形且其权利能够排除执行的，人民法院应予支持：

1. 在人民法院查封之前已签订合法有效的书面买卖合同：这意味着，如果以工程款抵房的协议是在法院查封该房产之前签订的，且该协议合法有效，那么该协议可能具有排除执行的效力。
2. 已合法占有该不动产：买受人需要证明在法院查封之前已经实际占有并使用了该房产。
3. 已支付全部价款，或者已按照合同约定支付部分价款且将剩余价款按照人民法院的要求交付执行：在以工程款抵房的情况下，如果工程款已经足够支付全部房款，或者已经按照协议支付了部分房款，并承诺将剩余部分按照法院要求交付执行，这也可能构成排除执行的条件。
4. 非因买受人自身原因未办理过户登记：如果买受人没有过错，而是由于其他原因（如卖方不配合、政策限制等）导致未能及时办理过户登记，那么这也不应成为阻碍其排除执行的理由。

二、以工程款抵房的特殊性

在建设工程领域，以工程款抵房是一种常见的结算方式。当最高法院的生效调解书确认了这种抵房方式时，它实际上已经对双方的债权债务关系进行了法律上的确认和调整。因此，如果调解书明确规定了以工程款抵房的具体条款，并且这些条款符合上述排除执行的条件，那么该房产就有可能被排除在执行范围之外。

三、实际操作中的注意事项

1. 确保调解书的合法性和有效性：首先，需要确认最高法院的生效调解书是合法有效的，没有违反法律法规的强制性规定。
2. 及时办理过户登记：尽管调解书可能确认了以工程款抵房的条款，但为了避免后续纠纷和执行风险，建议尽快办理房产过户登记手续。
3. 保留相关证据：在办理过程中，应保留好所有相关的证据材料，如调解书、抵房协议、付款凭证、占有使用证明等，以备不时之需。

四、可能的风险与应对

如果以工程款抵房的房产被错误地纳入了执行范围，买受人可以及时向执行法院提出执行异议，并提供上述相关证据材料来支持自己的主张。如果执行法院裁定驳回异议，买受人还可以依法提起执行异议之诉来维护自己的合法权益。

如有更多关于建设工程、房产问题等方面的法律疑问，可以直接向我咨询。我会结合你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。