员工因公司拖欠工资而主动辞职，但在离职申请中写明因个人原因离职的，一般情况下不能直接获得经济补偿金，但如果有证据证明实际离职原因是公司拖欠工资，则仍可主张经济补偿金。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与经济补偿条件
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并且用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这是劳动者获得经济补偿的法律依据。然而，关键在于劳动者需要证明其离职的实际原因是公司拖欠工资，而非个人原因。
二、离职原因与经济补偿的关系
书面离职原因的影响：
- 如果劳动者在离职申请中明确写明因个人原因离职，这在一定程度上可能被视为劳动者主动放弃经济补偿的权利。因为从字面上看，个人原因离职并不符合《劳动合同法》中规定的用人单位应支付经济补偿的情形。
实际离职原因的证明：
- 劳动者如果能够提供充分证据证明其实际离职原因是公司拖欠工资，如工资条、银行流水记录、与公司沟通的记录（如邮件、短信、录音等），则仍可主张经济补偿金。法院在审理此类案件时，会综合考虑劳动者的实际离职原因和用人单位的违法行为，以作出公正的裁决。
三、维权途径与建议
保留证据：
- 劳动者在提出辞职并主张经济补偿前，应确保有充分的证据证明公司存在拖欠工资的行为。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
书面通知与说明：
- 尽管劳动者可能在离职申请中写明了因个人原因离职，但如果在离职前或离职时能够以书面形式向公司说明实际离职原因是由于公司拖欠工资，并保留相关证据，这将有助于在后续的法律程序中证明劳动者的辞职行为是合法的，并且是基于公司拖欠工资这一事实。
协商与仲裁：
- 在提出辞职后，劳动者可以尝试与公司进行协商，看是否能够就经济补偿等问题达成一致。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动人事争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
四、实际案例参考
以北京三中院审理的一起案件为例，于某原系某家装公司设计师，因与公司就工资差额、提成及解除劳动关系经济补偿金等问题存在争议诉至法院。关于离职原因，某家装公司提交有于某签字的《辞职申请表》，显示于某因个人原因辞职。但于某提交的录音证据能够推翻《辞职申请表》载明的离职原因，证明其真实的离职原因系某家装公司拖欠工资和提成。法院经审理认为，用人单位应当按时、足额向劳动者支付劳动报酬，未及时足额支付劳动报酬的，劳动者如以此为由离职，用人单位应依法支付解除劳动关系经济补偿金。最终，法院判令某家装公司补足欠付于某的工资差额和提成，并依法支付于某解除劳动关系经济补偿金。
总结与建议：
- 劳动者在离职时，应谨慎填写离职原因，避免因填写不当而丧失获得经济补偿的权利。
- 如果实际离职原因是公司拖欠工资，劳动者应保留相关证据，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议劳动者咨询专业律师（即我本人，黄祖军律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。
如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。