将一个商铺分割成两个后，每平方的租金不一样，这种做法本身是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性分析
合同自由原则：在租赁关系中，出租人和承租人享有合同自由，即双方有权在平等、自愿的基础上，就租赁物的租金、租赁期限、租赁物的使用等条款进行协商并达成一致。因此，如果出租人在将商铺分割成两个后，与不同的承租人分别签订租赁合同，并在合同中约定了不同的租金标准，这种做法是符合合同自由原则的，也是合法的。
市场定价机制：租金水平通常受到市场供求关系、地段、商铺条件等多种因素的影响。因此，即使在同一商铺内，不同区域或不同用途的租金也可能存在差异。出租人根据市场情况和商铺的实际情况，对分割后的两个商铺设定不同的租金标准，是市场定价机制的体现，也是合法的。
注意事项
合同条款的明确性：虽然租金不同本身合法，但出租人在与承租人签订租赁合同时，应确保合同条款的明确性。具体来说，合同中应明确约定每个商铺的租金标准、支付方式、租赁期限等关键条款，以避免后续产生纠纷。
公平合理原则：虽然合同自由原则允许双方约定不同的租金标准，但出租人在设定租金时仍应遵循公平合理原则。如果租金差异过大，且没有合理的解释或依据，可能会引发承租人的不满或质疑，甚至可能构成不公平交易或欺诈行为。因此，出租人在设定租金时，应充分考虑市场情况和商铺的实际情况，确保租金水平的公平性和合理性。
遵守相关法律法规：在租赁过程中，出租人和承租人都应遵守相关法律法规的规定。例如，出租人应确保商铺的合法性和安全性，承租人应按时支付租金并合理使用商铺等。如果任何一方违反法律法规的规定，都可能面临法律责任和处罚。
可能的法律后果
如果出租人在设定租金时存在欺诈、胁迫等违法行为，或者租金差异过大且没有合理的解释或依据，承租人可以向相关部门投诉或寻求法律援助。在极端情况下，如果出租人的行为构成犯罪（如诈骗罪等），还可能面临刑事处罚。
总结来说，将一个商铺分割成两个后每平方的租金不一样，这种做法本身是合法的。但出租人在设定租金时，应遵循合同自由原则、公平合理原则，并遵守相关法律法规的规定。如果你在租赁过程中遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。