结论：本年度12月份累计考勤情况，次年1月份对缺勤人员的内部津贴进行扣减，这一做法是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：
一、合法性分析的前提：规章制度或劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若用人单位的规章制度中明确规定了考勤与内部津贴的扣减规则，且该规章制度已经过上述民主程序制定并公示或告知劳动者，那么用人单位依据该规章制度对缺勤人员进行内部津贴扣减，是合法的。
劳动合同约定：
- 若用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了考勤与内部津贴的扣减规则，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么用人单位依据劳动合同约定对缺勤人员进行内部津贴扣减，同样是合法的。
二、合法性分析的关键：扣减行为的合理性
扣减比例与方式：
- 即使规章制度或劳动合同中有关于考勤与内部津贴扣减的约定，用人单位在扣减时也应遵循合理性原则。扣减的比例不应过高，以免对劳动者的基本生活造成过大影响；扣减的方式也应合理，如应明确扣减的具体月份、具体金额或比例等。
- 若用人单位的扣减行为明显不合理，如扣减比例过高或扣减方式不明确等，那么该扣减行为可能被视为违法。
扣减的及时性：
- 考勤情况通常应在当月或次月进行统计并告知劳动者，以便劳动者及时了解自己的考勤状况并作出相应调整。若用人单位在次年1月份才对上一年度12月份的缺勤情况进行扣减，且未提前告知劳动者或未给予劳动者申诉的机会，那么该扣减行为可能因缺乏及时性而引发争议。
三、合法性分析的例外：特殊情况下的处理
劳动者缺勤的合法性：
- 若劳动者的缺勤是由于用人单位的原因造成的，如用人单位未安排工作、未提供劳动条件等，那么用人单位无权对劳动者进行内部津贴扣减。
- 若劳动者的缺勤是由于不可抗力或意外事件等不可归责于劳动者的原因造成的，如自然灾害、交通事故等，那么用人单位也应根据实际情况对劳动者进行合理处理，而非直接扣减内部津贴。
用人单位的过错：
- 若用人单位在考勤统计或内部津贴扣减过程中存在过错，如统计错误、扣减错误等，那么用人单位应及时纠正错误并赔偿劳动者因此遭受的损失。
建议：
- 对于用人单位而言，应确保规章制度的合法性和合理性，并明确考勤与内部津贴的扣减规则；在扣减前应提前告知劳动者并给予其申诉的机会；在扣减过程中应确保统计准确、扣减合理。
- 对于劳动者而言，应了解自己的考勤状况和内部津贴的扣减规则；若对扣减行为有异议，应及时向用人单位提出申诉或寻求法律援助。
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