当商品房买卖合同与补充协议发生冲突时，主要违反了以下法律依据：
《中华人民共和国民法典》的相关原则
- 自愿原则：根据《民法典》第五条，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。若补充协议是在非自愿、受欺诈或胁迫的情况下签订的，那么该补充协议可能因违反自愿原则而被视为无效或可撤销。
- 诚信原则：依据《民法典》第七条，民事主体从事民事活动，应当遵循诚信原则，秉持诚实，恪守承诺。如果补充协议的内容与原合同存在冲突，且这种冲突是由于一方不诚信行为导致的，那么该补充协议可能因违反诚信原则而受到质疑。
《中华人民共和国民法典》关于合同变更的规定
- 根据《民法典》的相关规定，合同的变更应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则。如果补充协议对原合同的变更违反了这些原则，特别是如果变更内容损害了国家、集体或第三人的利益，或者违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该补充协议可能被视为无效。
具体冲突情形与法律后果
- 内容冲突：若补充协议与原合同在关键条款上存在直接冲突，如房屋价格、交付时间、付款方式等，且双方无法就冲突条款达成一致，那么根据《民法典》关于合同解释和履行的规定，可能需要通过法律途径来确定以哪份协议为准，或者对冲突条款进行修正。
- 程序违法：如果补充协议的签订过程存在违法情形，如未经过必要的审批程序、未遵循法定的形式要求等，那么该补充协议可能因程序违法而被视为无效。
法律建议：
- 审查协议内容：在签订补充协议前，务必仔细审查原合同和补充协议的内容，确保两者之间不存在冲突或矛盾。如果发现冲突，应及时与对方协商修改，以避免后续纠纷。
- 遵循法律原则：在签订补充协议时，应遵循自愿、诚信、公平等法律原则，确保协议内容的合法性和有效性。
- 保留证据材料：在签订和履行协议过程中，应保留好相关证据材料，如书面协议、沟通记录、付款凭证等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果遇到复杂的法律问题或纠纷，建议及时向我咨询，以便获得专业的法律意见和帮助。
可能后果：
- 如果补充协议因违反法律依据而被视为无效或可撤销，那么双方可能需要重新协商签订新的协议，或者通过法律途径解决纠纷。
- 在纠纷解决过程中，如果一方因违反法律原则或规定而承担法律责任，那么该方可能需要赔偿对方因此遭受的损失。
总之，商品房买卖合同与补充协议之间的冲突可能涉及多个法律依据和原则。在签订和履行协议过程中，务必谨慎行事，确保协议内容的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。