当商品房补充协议与预售合同发生冲突时，一般情况下应以补充协议为准，但存在法定无效或可撤销情形时，应以有效的预售合同为准。以下是对此问题的详细分析：

一、补充协议通常具有优先效力

补充协议作为对预售合同的补充、细化或变更，其签订时间通常在后，可视为双方对预售合同相关内容的重新约定。根据合同法的相关规定，当预售合同与补充协议发生冲突时，应以补充协议为准。这是因为补充协议代表了双方最新的合意，体现了双方在合同履行过程中的最新意愿。

二、补充协议存在法定无效或可撤销情形时的处理

尽管补充协议通常具有优先效力，但在某些法定情形下，补充协议可能无效或可被撤销。具体来说：

1. 法定无效情形：

   • 若补充协议存在欺诈、胁迫等情形，且损害了国家利益，该补充协议无效。此时，应以有效的预售合同为准。
   • 若补充协议中的条款违反了法律法规的强制性规定，如免除了开发商应承担的主要责任、加重了购房人的责任或排除了购房人的主要权利等，该部分条款无效。其他部分若有效且优先适用，则需结合预售合同综合判断双方的真实意思及合同履行情况。

2. 可撤销情形：

   • 若开发商在签订补充协议时未尽到提示和说明义务，导致购房人没有注意免除或限制其责任的条款，购房人有权申请撤销该格式条款。此时，若撤销申请得到法院支持，则应以有效的预售合同为准。

三、具体案例分析

以某开发商与购房人签订的《商品房预售合同》及补充协议为例，预售合同中约定了开发商逾期交房的违约金计算方式，而补充协议中则降低了该违约金。若补充协议不存在法定无效或可撤销情形，则通常应以补充协议为准。然而，若开发商在签订补充协议时未尽到提示和说明义务，或补充协议中的条款违反了法律法规的强制性规定，则购房人有权主张以预售合同为准。

四、法律建议

1. 购房人在签订补充协议时应仔细阅读条款：特别是关于违约责任、面积差异处理等关键条款，确保自己的权益不受损害。
2. 若发现补充协议存在不公平、不合理的条款：购房人应及时与开发商协商修改，或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
3. 在发生纠纷时：购房人应保留好相关证据，如预售合同、补充协议、付款凭证等，以便在需要时提供证明。

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