食品药品监督管理局在个体超市安装监控是否合法，需分情况讨论：
若安装监控基于法定职权且符合法定程序：
- 法律依据：根据《中华人民共和国食品安全法》及相关实施条例，食品药品监督管理部门有权对食品生产经营活动进行监督检查，包括采取必要的调查、检查措施。若安装监控是为了对超市的食品安全状况进行实时监控，确保食品安全，且该行为有明确的法律授权（如特定区域、特定情况下的监控安装规定），同时遵循了法定程序（如事先告知、取得必要许可等），则该行为是合法的。
- 程序要求：在安装监控前，食品药品监督管理部门应确保有明确的法律依据，并遵循正当程序，如向超市经营者说明安装监控的目的、范围、期限等，并可能需取得超市经营者的同意（除非法律另有规定，如紧急情况下为防止食品安全事故而采取的临时措施）。
若安装监控超出法定职权或违反法定程序：
- 超出职权：如果食品药品监督管理部门在没有明确法律授权的情况下，擅自决定在个体超市安装监控，或者安装监控的目的与食品安全监管无关，而是出于其他目的（如监控超市经营者的个人行为），则该行为可能构成对超市经营者合法权益的侵犯，是不合法的。
- 违反程序：即使安装监控有法律授权，但如果食品药品监督管理部门在安装过程中未遵循法定程序，如未事先告知超市经营者、未取得必要许可等，也可能导致该行为的不合法性。
法律建议：
- 对于超市经营者而言，如果认为食品药品监督管理部门安装监控的行为侵犯了其合法权益，可以首先与该部门沟通，了解安装监控的具体原因和法律依据。如果沟通无果，或者认为该行为确实违法，可以向上一级食品药品监督管理部门或相关行政复议机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。
- 对于食品药品监督管理部门而言，在安装监控前应确保有明确的法律授权，并遵循正当程序，以避免不必要的法律纠纷。
可能后果：
- 如果食品药品监督管理部门合法安装监控，且监控内容仅用于食品安全监管目的，则超市经营者应配合监管工作，否则可能面临相应的法律责任。
- 如果食品药品监督管理部门违法安装监控，超市经营者有权拒绝并寻求法律救济，而该部门也可能因违法行政而承担相应的法律责任。
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