结论前置：针对拖欠工资员工自行停工造成公司业务损失的情况，公司需根据具体情形采取不同的应对措施，包括与员工协商、依据规章制度处理、通过法律途径解决等。同时，公司也应反思自身是否存在拖欠工资等违法行为，以避免类似纠纷的再次发生。以下是对此问题的详细分析：

1. 员工自行停工的合法性分析

   • 一般情况：员工因公司拖欠工资而自行停工，并不直接构成违法或违约行为，但可能违反公司的规章制度或劳动合同中的相关条款。然而，若公司确实存在拖欠工资等违法行为，员工停工可视为一种维权方式，但需注意方式方法的合法性，避免采取过激行为。
   • 法律依据：根据《劳动法》及相关规定，劳动者有权获得劳动报酬，用人单位应当按时足额支付。若用人单位拖欠工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，或依法申请仲裁、提起诉讼。但直接停工可能并非最佳维权方式，建议通过合法途径解决。

2. 公司应对措施

   • 与员工协商：公司应首先与员工进行沟通，了解停工原因，并尽快解决拖欠工资问题。通过协商，可以达成双方都能接受的解决方案，如分期支付工资、给予一定补偿等。
   • 依据规章制度处理：若员工停工行为违反了公司的规章制度或劳动合同中的相关条款，公司可以依据规章制度对员工进行相应处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。但需注意，处理过程需合法合规，避免侵犯员工合法权益。
   • 通过法律途径解决：若协商无果，且员工停工行为给公司造成了实际损失，公司可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求员工赔偿损失。在此过程中，公司需提供充分证据证明员工停工行为与损失之间的因果关系。

3. 公司应反思的问题

   • 拖欠工资的合法性：公司应反思自身是否存在拖欠工资等违法行为。若存在，应立即改正，并依法支付拖欠的工资及可能产生的滞纳金或赔偿金。
   • 规章制度的完善性：公司应检查规章制度是否完善，是否明确规定了员工停工行为的处理方式和后果。若规章制度存在漏洞或不明确之处，应及时进行修订和完善。
   • 员工沟通与激励机制：公司应加强与员工的沟通，了解员工需求和诉求，建立有效的激励机制，提高员工工作积极性和满意度，从而减少类似纠纷的发生。

4. 可能的法律后果

   • 若公司存在违法行为：若公司确实存在拖欠工资等违法行为，且因此导致员工停工并造成损失，公司可能需承担相应的法律责任，包括支付拖欠的工资、赔偿员工损失等。
   • 若员工存在违法行为：若员工停工行为违反了法律法规或公司规章制度，且给公司造成了实际损失，员工可能需承担相应的法律责任，包括赔偿公司损失、接受行政处罚等。

建议：在处理此类纠纷时，公司应保持冷静和理性，通过合法途径解决问题。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，提高员工法律意识，以避免类似纠纷的再次发生。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。