企业因环保检查被要求停工三天，首先需明确这是行政机关依法作出的临时性行政措施，企业应配合执行，但同时可通过以下方式保障自身权益：

1. 核实停工决定的合法性

   • 程序审查：检查停工通知是否由有管辖权的环保部门出具，是否载明法律依据（如《大气污染防治法》《环境保护法》相关条款）、停工期限及救济途径。若通知未加盖公章或未说明理由，可能涉嫌程序违法。
     
   • 实体审查：确认企业是否存在超标排放、未批先建等违法行为。若企业自查认为符合环保标准，可要求环保部门出具检测报告或证据，避免“一刀切”式停工。

2. 停工期间的合规应对

   • 立即整改：若停工因环保设施故障或操作违规导致，应利用停工期修复设备、完善台账记录（如危废处理记录、在线监测数据），避免后续处罚升级。
     
   • 员工安置：根据《劳动合同法》第40条，非因劳动者原因停工的，企业可与员工协商变更劳动合同（如轮岗、待岗），但需支付不低于最低工资标准的80%作为生活费。若停工超过一个工资支付周期，需按约定支付工资或生活费。

3. 行政复议或诉讼的救济途径

   • 复议申请：若认为停工决定违法（如超期停工、未听证），可在收到通知后60日内向上一级环保部门或本级政府申请行政复议，要求撤销或变更决定。
     
   • 诉讼准备：若复议未果，可在收到复议决定后15日内向法院起诉。需准备停工通知、环保合规证据（如环评报告、排污许可证）、损失清单（如订单违约赔偿、员工工资）等材料，主张行政赔偿或确认行政行为违法。

4. 预防性合规建议

   • 日常环保管理：建立环保合规体系，定期自查（如委托第三方检测）、培训员工，确保污染物达标排放。
     
   • 应急预案：制定突发环保事件应对方案，明确停工期间的客户沟通、订单处理流程，降低商业损失。
     
   • 政策跟踪：关注地方环保动态（如重污染天气应急响应），提前调整生产计划，避免被动停工。

若企业已收到停工通知，建议立即联系我，我将协助审查通知合法性、制定应对方案，并代理复议或诉讼程序，最大限度维护企业权益。