合同双方当事人分别向两个法院起诉后，立案的法院是有可能驳回起诉的，但具体是否驳回需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、基于管辖权的角度

1. 专属管辖与级别管辖：

   • 如果合同纠纷属于专属管辖的范围，例如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖，那么其他法院在受理此类案件时，若发现不属于自己管辖范围，会依法将案件移送至有管辖权的法院，或者在被起诉后，若另一有管辖权的法院已经立案，可能会驳回起诉。
   • 级别管辖方面，如果合同纠纷的标的额或影响范围超出了某一法院的受理级别，该法院在立案后发现可能应由上级法院或下级法院管辖时，也可能根据相关规定将案件移送或驳回起诉（实践中更常见的是移送管辖）。但若双方分别向不同级别的法院起诉，且均符合各自级别管辖的标准（这种情况较为特殊且罕见），则需进一步结合其他因素判断。

2. 普通地域管辖与特殊地域管辖：

   • 在普通地域管辖中，通常由被告住所地法院管辖。如果双方分别向各自所在地法院起诉，且均认为对方所在地法院有管辖权，此时若一方法院先立案，另一方法院在查明事实后，可能会基于“一事不再理”原则或管辖权冲突，驳回后立案的起诉。
   • 特殊地域管辖则涉及合同履行地、标的物所在地等，如果合同中明确约定了履行地，且双方分别向合同履行地和被告住所地法院起诉，同样可能面临管辖权冲突的问题。此时，先立案的法院通常会继续审理，后立案的法院则可能驳回起诉。

二、基于“一事不再理”原则的角度

• “一事不再理”原则是民事诉讼中的一项重要原则，即同一案件已经由某一法院受理并正在审理中，或者已经作出判决、裁定，当事人又就同一案件向其他法院起诉的，其他法院应不予受理或驳回起诉。
• 在合同纠纷中，如果双方当事人分别向两个法院就同一合同纠纷提起诉讼，且其中一个法院已经立案并正在审理中，那么另一个法院在查明事实后，通常会依据“一事不再理”原则驳回起诉。

三、实际操作中的建议

• 及时沟通：在发现双方分别向不同法院起诉后，建议双方当事人及时沟通，协商选择一个有管辖权的法院进行审理，以避免不必要的法律纠纷和诉讼成本。
• 申请管辖权异议：如果一方认为另一方选择的法院没有管辖权，可以在提交答辩状期间提出管辖权异议，请求法院将案件移送至有管辖权的法院审理。
• 遵循法院指引：在诉讼过程中，应遵循法院的指引和安排，积极配合法院的审理工作，以维护自身合法权益。

总结来说，合同双方当事人分别向两个法院起诉后，立案的法院是否驳回起诉取决于多种因素，包括管辖权、“一事不再理”原则等。在实际操作中，建议双方当事人及时沟通、协商选择有管辖权的法院进行审理，并遵循法院的指引和安排。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。