核心结论：开车撞人后对方查出囊肿，保险是否赔偿需分情况讨论，主要取决于囊肿与交通事故的因果关系以及保险条款的具体约定。以下是具体分析：

1. 若囊肿与交通事故存在直接因果关系
   根据《民法典》侵权责任编及保险合同原理，若医疗鉴定或司法鉴定证明囊肿系本次交通事故直接引发（如撞击导致原有囊肿破裂、新发囊肿等），则属于保险赔偿范围。此时：

   • 交强险：在18万元死亡伤残赔偿限额、1.8万元医疗费用赔偿限额内优先赔付（含医疗费、护理费等）；
     
   • 商业三者险：超出交强险部分，按事故责任比例（如全责、主责等）在保额内赔偿。
     关键点：需提供《司法鉴定意见书》等证据证明因果关系，否则保险公司可能拒赔。

2. 若囊肿与交通事故无因果关系
   若囊肿系对方原有疾病（如遗传性囊肿、陈旧性病变等），与本次事故无关，则保险通常不承担赔偿责任。但需注意：

   • 特殊情形：若事故加重了原有囊肿的病情（如撞击导致囊肿增大需手术），可能按“参与度”比例部分赔偿（例如鉴定结论认定事故占30%责任，则保险公司仅赔30%相关费用）；
     
   • 保险条款例外：部分商业险条款可能约定“既往症不赔”，需仔细核查保单免责条款。

3. 实务操作建议

   • 立即报案：事故发生后48小时内向交警和保险公司报案，保留现场证据（如照片、视频）；
     
   • 医疗跟进：要求医院在病历中明确记录囊肿与事故的关联性，必要时申请司法鉴定；
     
   • 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先协商，协商不成可向法院起诉，由法院委托鉴定机构认定因果关系及赔偿比例。

总结：保险是否赔偿需以“因果关系”为核心，建议优先通过医疗鉴定固定证据，再依据保险条款主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询交通事故赔偿相关法律问题。