旅馆营业12年后转让是否合法，需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
一、旅馆转让的合法性基础
旅馆的转让，本质上涉及的是旅馆经营权的转让以及可能伴随的旅馆财产（如房产、设备等）的转让。这种转让的合法性，首先取决于旅馆本身是否具备合法的经营资质，以及转让行为是否符合相关法律法规的规定。
经营资质：旅馆必须依法取得相关的经营许可，如《特种行业经营许可证》、《卫生许可证》、《消防安全检查合格证》等。如果旅馆在营业期间一直保持这些资质的有效，且转让时这些资质能够顺利过户给受让方，那么从经营资质的角度来看，转让是合法的。
法律法规：旅馆的转让还需遵守《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国公司法》（如旅馆以公司形式运营）以及地方性法规、规章等关于合同转让、资产转让的相关规定。如果转让行为违反了这些法律法规的强制性规定，那么转让就是不合法的。
二、转让过程中可能涉及的法律问题
合同效力：旅馆转让通常需要通过签订转让合同来明确双方的权利义务。如果转让合同内容合法、双方意思表示真实且不违反法律法规的强制性规定，那么合同是有效的。反之，如果合同存在欺诈、胁迫、恶意串通等情形，或者违反了法律法规的强制性规定，那么合同可能被认定为无效或可撤销。
资产过户：如果旅馆转让涉及房产、设备等资产的过户，那么还需要遵守《中华人民共和国物权法》（现已被《中华人民共和国民法典》物权编替代）等相关法律法规关于物权变动的规定。如果资产过户手续不齐全或存在瑕疵，可能会影响转让的合法性。
员工安置：旅馆转让还可能涉及员工的安置问题。根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，转让方和受让方需要妥善处理员工的劳动关系，确保员工的合法权益不受侵害。如果员工安置不当，可能会引发劳动争议或法律纠纷。
三、特殊情况下的合法性判断
旅馆存在违法经营行为：如果旅馆在营业期间存在违法经营行为（如无证经营、超范围经营、卫生不达标等），且这些行为未被相关部门查处或纠正，那么转让行为可能因旅馆本身的违法性而受到影响。在这种情况下，即使转让合同本身看似合法，也可能因旅馆的违法经营行为而被认定为无效或可撤销。
转让方隐瞒重要信息：如果转让方在转让过程中隐瞒了旅馆的重要信息（如存在重大债务、法律纠纷等），导致受让方在受让后遭受损失，那么受让方有权要求转让方承担相应的法律责任。在这种情况下，转让行为的合法性也会受到质疑。
四、建议与结论
对于旅馆营业12年后转让的合法性判断，建议如下：
审查经营资质：确保旅馆具备合法的经营资质，且这些资质在转让时能够顺利过户给受让方。
签订合法合同：签订转让合同时，要确保合同内容合法、双方意思表示真实且不违反法律法规的强制性规定。
办理资产过户：如果转让涉及资产过户，要确保过户手续齐全、合法有效。
妥善安置员工：妥善处理员工的劳动关系，确保员工的合法权益不受侵害。
咨询专业律师：由于旅馆转让涉及的法律问题较为复杂，建议在转让前咨询专业律师的意见，以确保转让行为的合法性和有效性。
综上所述，旅馆营业12年后转让的合法性取决于多种因素，包括旅馆的经营资质、转让合同的合法性、资产过户的合规性以及员工安置的妥善性等。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。