在起诉过程中，如果子女不配合做亲子证明，这确实会给亲子关系的认定带来一定的挑战。不过，法律上提供了相应的解决途径和原则来处理这种情况。
首先，我们要明确的是，亲子关系的认定不仅仅依赖于亲子鉴定这一直接证据。在被告拒不配合进行亲子鉴定的情况下，法院会综合考虑其他间接证据来形成心证，判断亲子关系是否存在。这些间接证据可能包括但不限于：双方的聊天记录、共同生活的证据、出生医学证明、证人证言等。
以您提到的案例为例，李女士在无法提供小贝与黄先生的亲子鉴定结果这一关键证据时，她举示了与黄先生的聊天记录，其中黄先生自始至终未否认与李女士之间的亲密关系以及亲子关系的存在。此外，李女士还通过努力找到了黄先生的母亲王某，并成功引导王某与小贝进行了亲缘关系鉴定，鉴定结果显示王某与小贝存在生物学上的祖孙关系。这些证据共同构成了认定黄先生与小贝存在亲子关系的间接证据链。
法院在审理此类案件时，会遵循以下原则：
高度盖然性原则：如果主张亲子关系成立的一方提供的必要证据达到高度盖然性的标准，即这些证据足以使法院相信亲子关系存在的可能性远大于不存在的可能性，那么法院可以认定亲子关系存在。
举证责任分配原则：在亲子关系认定案件中，如果一方拒绝配合进行亲子鉴定，且未能提供相反证据予以反驳，那么该方应当承担不利后果。这是因为亲子鉴定是一种科学、客观的证明手段，拒绝配合可能被视为对亲子关系存在的一种默认或无法反驳。
未成年人利益最大化原则：在处理涉及未成年人的亲子关系认定案件时，法院会优先考虑未成年人的利益和权益保护。如果认定亲子关系存在有利于未成年人的成长和权益保障，那么法院可能会更加倾向于认定亲子关系存在。
针对您的情况，我建议您：
收集并保存好所有与亲子关系相关的间接证据：如聊天记录、共同生活的照片、视频、证人证言等。这些证据将在法院审理过程中发挥重要作用。
尝试与对方沟通协商：如果可能的话，您可以尝试与对方进行沟通协商，解释亲子鉴定的重要性以及拒绝配合可能带来的法律后果。有时候，通过沟通协商可以解决问题，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律援助或咨询专业律师：如果您在处理此类案件时遇到困难或不确定如何操作，建议您寻求法律援助或咨询专业律师。他们可以提供专业的法律意见和帮助您制定合适的诉讼策略。
总之，虽然子女不配合做亲子证明会给亲子关系的认定带来一定的挑战，但法律上提供了相应的解决途径和原则来处理这种情况。只要您能够收集并保存好相关证据，并遵循法律程序进行诉讼，那么您仍然有机会成功认定亲子关系并维护自己的合法权益。