在建设工程承包合同无效的情况下，纳税义务并不因合同无效而免除，税金的承担需综合考虑税法规定、合同约定及实际履行情况。以下从不同角度为您详细分析：

一、税法层面：纳税义务法定，不因合同无效而免除

根据税法规定，纳税义务的产生是基于应税行为的发生，而非合同的效力。在建设工程领域，即使承包合同被认定无效，只要实际发生了应税行为（如提供建筑服务并取得收入），相关主体仍需依法缴纳增值税、企业所得税、印花税等税费。

1. 增值税及附加税费：承包人实际完成工程量并取得收入的，需按规定缴纳增值税及附加税费。若合同无效后款项需返还或调整，且符合税收政策规定的调整条件，已缴纳的增值税等可进行相应调整。
2. 企业所得税：企业在施工过程中取得收入并扣除相关成本后有应税所得的，需按企业所得税法规定缴纳。因合同无效导致的损失，在符合税法规定的情况下，可在计算应纳税所得额时扣除。
3. 印花税：建筑工程施工合同作为应税凭证，在签订时就需缴纳印花税。即使合同后来无效，根据《中华人民共和国印花税法》，通常不能因合同无效而退还已缴印花税。

二、合同约定层面：有约定从约定，无约定则依法确定

1. 有明确约定且不违反法律强制性规定：若合同中对税金的承担有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，即便合同被认定无效，法院在处理工程款结算等问题时，通常会参照合同约定来确定税金的承担主体。例如，合同约定工程价款为含税价，由发包方承担税金，则合同无效后，结算工程款时仍可参照此约定。
2. 没有约定或约定不明：若合同中对税金承担无约定或约定不明确，双方可能产生争议。此时，一般会根据公平原则和实际情况来确定。通常认为，税金作为工程造价的组成部分，应计入工程价款中。若施工方已实际缴纳相关税金，则在结算工程款时，应将税金计入并由发包方支付给施工方。

三、实际履行层面：根据实际履行情况确定税金承担

1. 施工方已缴纳税金：若施工方已按规定实际缴纳了与工程相关的税金，在合同无效进行工程价款结算时，施工方有权要求将已缴纳的税金计入工程价款中，由发包方承担。因为税金是工程成本的一部分，发包方获得了施工方提供的建筑服务，应当承担相应的成本。
2. 双方均未处理税金事宜：若双方在合同履行过程中均未处理税金缴纳事宜，税务机关可能会依法向纳税义务人追缴税款，并可能处以罚款等处罚。此时，纳税义务人在承担了税务责任后，可根据双方的过错等情况向对方追偿。

四、特殊情况说明：合同无效原因不影响纳税义务

即使合同无效是由于承包人的非法转包、违法分包或资质问题导致的，这些行为本身违法且不受法律保护，但税务部门在征税时更关注的是应税行为是否发生，而非合同本身的效力。因此，相关税费仍需依法缴纳。

五、建议与总结

在处理无效承包合同的税费问题时，建议首先明确税法上的纳税义务不因合同无效而免除；其次，根据合同约定及实际履行情况来确定税金的承担主体。若双方无法协商一致，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供专业的法律意见和帮助，以确保您的合法权益得到妥善保护。