非法占地200亩开工厂的处罚需根据具体违法情形确定，可能涉及行政处罚、刑事处罚及民事赔偿责任，具体如下：

1. 行政处罚
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款（罚款标准为每平方米100元以上1000元以下，200亩约合13.3万平方米，罚款上限可达1.33亿元）。若占用的是永久基本农田，处罚力度会进一步加重。

2. 刑事处罚（若构成犯罪）
   根据《刑法》第三百四十二条，非法占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏或严重污染的，构成非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。若200亩土地中包含基本农田或大量耕地，且已造成严重毁坏，可能面临刑事追责。

3. 民事赔偿责任
   若非法占地行为导致他人土地权益受损（如相邻土地排水受阻、土壤污染扩散等），需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。例如，若工厂排放污染物导致周边农田减产，需赔偿农户经济损失。

补充说明：

• 处罚需以自然资源部门或司法机关的调查结论为准，具体情节（如占地时间、是否主动整改、是否配合调查等）会影响最终处罚力度。
  
• 若企业已取得部分合法用地手续，但存在超占、改变用途等违法行为，处罚会针对违法部分单独计算。
  
• 建议立即停止违法行为，主动与自然资源部门沟通，争取从轻处理（如补办手续、缴纳罚款后合法使用土地）。
  

如有进一步细节（如土地性质、是否已投入生产等），可向我补充说明，我会为您分析更具体的法律风险。