当员工在工作中脚扭伤并可能构成工伤时，公司应当按照以下步骤和规定来处理：
一、及时救治与初步沟通
及时救治：根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生工伤时，用人单位应当立即采取措施使工伤职工得到及时救治。这包括但不限于送往医院、联系急救服务等。
初步沟通：员工受伤后，应尽快与公司管理层或人力资源部门沟通，说明受伤情况，并尽可能提供相关的医疗证明或初步诊断结果。
二、工伤认定申请
申请时限：公司应在员工受伤之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是公司的法定义务，未在规定时限内提交申请的，期间发生的符合规定的工伤待遇等费用将由公司承担。
申请材料：申请工伤认定时，需要提供员工的身份证明、劳动合同、医疗证明等相关材料。公司应协助员工准备这些材料，并确保其真实性和完整性。
三、配合调查与举证
配合调查：社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，可能会对事故伤害进行调查核实。公司应积极配合调查，提供必要的协助和信息。
举证责任：如果公司对工伤认定有异议，认为不是工伤，那么根据《工伤保险条例》的规定，举证责任在于公司。公司需要提供确凿的证据来证明其主张，否则将承担举证不力的法律后果。例如，在类似“上班崴脚后查出骨折”的案例中，如果公司怀疑员工是“二次受伤”，就必须提供有效证据来证明这一点，否则法院将维持工伤认定决定。
四、支付相关费用与待遇
停工留薪期工资：员工因工作遭受事故伤害需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由公司按月支付。
护理费用：如果员工生活不能自理，在停工留薪期需要护理的，由公司负责。
伤残津贴与就业补助金：如果员工因工致残被鉴定为不同等级的伤残，公司将根据相关规定支付伤残津贴或一次性伤残就业补助金。具体标准依据《工伤保险条例》的相关规定执行。
五、后续关注与预防
关注员工康复：公司应关注员工的康复情况，提供必要的支持和帮助，确保员工能够尽快恢复健康并重返工作岗位。
加强工伤预防：公司应遵守有关安全生产和职业病防治的法律法规，加强工伤预防工作，减少和避免工伤事故的发生。这包括提供安全的工作环境、培训员工安全操作技能等。
综上所述，当员工在工作中脚扭伤并可能构成工伤时，公司应迅速采取行动，确保员工得到及时救治，并按照规定申请工伤认定、配合调查、支付相关费用与待遇，并加强后续关注和工伤预防工作。