针对您提出的“部队的工程发现总包单位工程违法发包会怎样处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，无论是部队工程还是其他类型的工程，一旦发现总包单位存在违法发包行为，都将面临一系列的法律责任和处罚措施。这些处罚措施旨在维护建筑市场的秩序，保障工程质量，保护相关方的合法权益。

一、违法发包工程的定义

违法发包工程，指的是建设单位（包括总包单位在分包过程中）将工程发包给不具有相应资质条件的单位或个人，或者进行肢解发包等违反法律规定的发包行为。这种行为不仅扰乱了建筑市场的正常秩序，还可能对工程质量造成严重影响。

二、法律责任追究

1. 民事责任：

   • 若因违法发包导致合同无效，总包单位需承担缔约过失责任，对于已履行的部分则需承担违约责任。
   • 若因发包给不具备资质的单位施工导致工程质量不合格，总包单位需对由此给其他相关方（如业主、监理单位等）造成的损失进行赔偿。

2. 行政责任：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》，总包单位将工程违法发包给个人或不具备相应资质单位的，将被责令改正，并处以50万元以上100万元以下的罚款。
   • 若该工程依法应当招标而未招标或未按法定招标程序发包，总包单位将依据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，被处项目合同金额千分之五以上千分之十以下的罚款。
   • 对于肢解发包的行为，总包单位同样将被责令改正，并处以工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款；若该工程使用国有资金，还可能面临项目执行暂停或资金拨付暂停的处罚。

3. 刑事责任：

   • 在工程发包与承包过程中，若总包单位或相关人员存在索贿、受贿、行贿等行为，且构成犯罪的，将依法追究刑事责任。

三、行政处罚的执行

行政处罚的执行流程通常包括调查、审查、决定、送达和执行等环节。这些环节由区级住房和建设委员会或综合行政执法支队等机构负责具体执行，以确保处罚的公正性和有效性。

四、信用档案的记录与公示

县级以上人民政府住房和城乡建设主管部门会将查处的违法发包工程行为和处罚结果记入相关单位或个人的信用档案，并向社会公示。这一措施旨在加强市场监管，提高诚信意识，对违法发包行为形成有效的震慑。

五、对其他相关方的处理

1. 对承包单位的处理：

   • 违规承包合同将被认定为无效，承包单位需承担相应的法律责任。
   • 承包单位通过违规承包获得的非法收入将被收缴。
   • 承包单位的企业资质可能面临降级、暂扣甚至吊销等处罚。

2. 对相关人员的处理：

   • 因失职、渎职导致违法发包的责任人员可能受到警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。
   • 情节严重的，相关责任人员可能会被限制在一定期限内不得从事相关的工程管理活动。

六、其他处理措施

• 违法发包工程的单位或个人可能被限制参与工程投标活动、承揽新的工程项目。
• 拒不整改或整改后仍达不到要求的单位，将面临更严厉的处罚，如资质降级、吊销资质证书等。

综上所述，部队工程中发现总包单位存在违法发包行为时，将面临包括民事责任、行政责任乃至刑事责任在内的多重法律责任和处罚措施。这些措施旨在维护建筑市场的秩序和工程质量，保护相关方的合法权益。因此，总包单位必须严格遵守相关法律法规，确保工程发包的合法性和合规性。