针对部队项目偷工减料、违法分包问题，可依法采取以下处理措施：

1. 行政责任追究
   根据《中华人民共和国招标投标法》第五十八条及《建设工程质量管理条例》第六十四条，施工单位偷工减料或使用不合格材料、构配件的，可责令改正，处工程合同价款2%-4%的罚款；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级或吊销资质证书。违法分包行为（如将主体工程分包、分包给无资质单位等）可依据《招标投标法》第五十九条，对分包单位及总承包单位处分包金额5‰-10‰的罚款，没收违法所得，并责令停业整顿。

2. 刑事责任认定
   若偷工减料导致重大安全事故（如建筑物倒塌致人伤亡），可能构成《刑法》第一百三十七条的“工程重大安全事故罪”，对直接责任人员处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。违法分包中若存在行贿、受贿等行为，可能同时触犯贪污贿赂类犯罪。

3. 民事赔偿路径
   因偷工减料导致工程质量缺陷的，建设单位可依据《民法典》第八百零二条要求施工单位承担修复、返工费用及赔偿损失（如工期延误损失、第三方财产损失等）。若违法分包导致合同无效，实际施工人可依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条，突破合同相对性直接向发包人主张工程款。

4. 特殊主体处理规则
   若涉及军队单位作为发包方，需注意《军队工程建设项目管理条例》的特殊规定：军队工程应优先采用公开招标，严禁肢解发包、违规指定分包；对违规单位可采取通报批评、限制参与军队项目等军内处罚措施，同时可建议军队纪检监察部门介入调查。

实务建议：

• 发现违法行为后，应立即固定证据（如施工记录、材料检测报告、分包合同等）；
  
• 向项目所在地县级以上住建部门或军队工程建设管理部门举报，要求立案调查；
  
• 若涉及刑事犯罪，可同步向公安机关经侦部门报案；
  
• 民事赔偿争议可通过诉讼或仲裁解决，注意工程质量鉴定申请的时效性。
  

具体案件需结合项目性质（是否涉密）、分包层级、损失程度等因素综合判断处理方案，如有进一步证据材料可提供详细分析。