在工伤申请期间，公司不能仅以员工未正常出勤就判定其旷工，需结合实际情况综合判断。以下分情况详细说明：
员工已提交工伤认定申请且处于医疗期
- 根据《工伤保险条例》规定，员工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
- 在此期间，员工虽未到岗工作，但并非无故缺勤，而是因工伤治疗需要，公司不能将其认定为旷工。公司应按照法律规定保障员工的停工留薪期待遇，包括工资支付、医疗救治等。
- 若公司擅自以旷工为由对员工进行处理，如扣发工资、解除劳动合同等，员工有权依法维权，要求公司承担相应的法律责任。
员工未提交工伤认定申请或已过医疗期但未返岗
- 如果员工尚未提交工伤认定申请，或者虽然提交了申请但已超过停工留薪期仍未返岗工作，且未提供合理的休假证明或未与公司协商一致延长休假，那么公司有权根据公司的规章制度对员工的缺勤行为进行管理。
- 在这种情况下，如果员工无正当理由拒不返岗，公司可以依据规章制度将其认定为旷工，并按照规定进行处理，如警告、扣发工资、解除劳动合同等。但公司在处理前应确保已充分告知员工相关规章制度，并给予员工合理的申诉机会。
特殊情况下的处理
- 如果员工因工伤导致长期无法工作，且经过劳动能力鉴定委员会鉴定为完全丧失劳动能力或大部分丧失劳动能力，那么公司应根据鉴定结果和法律规定，与员工协商调整工作岗位或安排病退等事宜，而不能简单地以旷工为由进行处理。
- 如果员工在工伤申请期间存在故意隐瞒伤情、骗取工伤待遇等违法行为，公司应及时向相关部门举报，并依法追究员工的法律责任。
建议：公司在处理工伤申请期间员工的缺勤问题时，应谨慎行事，确保处理决定合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。