住建局一般不可以直接对未备案的外省建筑公司进行扣分处罚，但可能依据相关法规采取其他监管措施或处罚手段。以下从不同角度进行分析：

1. 备案制度与属地管理原则
   根据《建筑法》《建筑业企业资质管理规定》等法规，建筑企业跨省承接工程需在工程所在地住建部门备案，这是属地管理原则的体现。若企业未备案，住建局通常无法直接对其资质进行扣分（因资质管理权限在注册地主管部门），但可依据《建筑市场信用管理暂行办法》等规定，将未备案行为记录为不良信用信息，并通过信息共享机制通报企业注册地主管部门，由后者实施扣分等处罚。

2. 地方性法规的补充规定
   部分省份通过地方立法强化监管，例如《XX省建筑市场管理条例》可能明确规定：外省企业未备案的，住建局可责令限期改正，逾期不改的处以罚款，或限制其参与本地招投标活动。此类处罚不涉及资质扣分，但通过限制市场准入达到监管目的。

3. 联合惩戒机制的应用
   若企业未备案且存在其他违法行为（如转包、挂靠），住建局可依据《招标投标法》《建设工程质量管理条例》等上位法，直接对企业处以罚款、没收违法所得、责令停业整顿等处罚，同时将违法信息推送至全国建筑市场监管公共服务平台，形成跨部门、跨地区的联合惩戒，间接影响企业资质评定。

实务建议：

• 外省建筑企业跨省施工前，应主动向工程所在地住建部门办理备案手续，避免因程序瑕疵引发处罚风险；
  
• 若已因未备案被处罚，企业可核查处罚依据是否明确（如地方性法规条款），并评估是否可通过行政复议或诉讼主张权利；
  
• 住建部门在执法时需严格区分“未备案”与“无资质施工”，前者属程序违规，后者可能涉及刑事责任（如重大安全事故罪），处罚力度截然不同。
  

如有具体案件细节或地方政策疑问，可进一步向我咨询，我会结合您所在省份的法规提供针对性分析。