结论：挂靠公司让包工头代替其出庭在一般情况下是不合法的，但在特定条件下，如包工头获得合法授权，则可能被允许。
分析如下：
一般情况下的不合法性：
- 在劳动仲裁或诉讼程序中，出庭代表应当是具有合法身份和授权的主体。挂靠公司作为被仲裁或诉讼的一方，应当由其法定代表人或经过合法授权的代理人出庭。
- 包工头，作为个人，通常不具备直接代表挂靠公司出庭的资格，除非他获得了挂靠公司的明确授权，并且这种授权在法律上是有效的。
- 如果包工头未经授权或授权不明确，就代替挂靠公司出庭，这可能构成对仲裁或诉讼程序的干扰，甚至可能引发法律责任。
特定条件下的合法性：
- 如果挂靠公司明确授权包工头作为其代理人出庭，并且这种授权符合法律规定的形式和要求（如书面授权书、公证等），那么包工头代替挂靠公司出庭在法律上可能是被允许的。
- 在这种情况下，包工头需要确保自己了解并遵守仲裁或诉讼程序的相关规定，以及挂靠公司的授权范围和要求。
法律建议：
- 对于挂靠公司：如果确实需要包工头代替出庭，应当给予明确的、书面的授权，并确保这种授权在法律上是有效的。同时，挂靠公司也应当对包工头的出庭行为进行监督和指导，以确保其符合法律和仲裁或诉讼程序的要求。
- 对于包工头：在接受挂靠公司的授权前，应当仔细了解授权的范围和要求，并确保自己有能力履行出庭的职责。在出庭过程中，包工头应当遵守法律和仲裁或诉讼程序的规定，维护挂靠公司的合法权益。
- 对于受伤工人：如果发现挂靠公司让未经授权的包工头代替出庭，可以向仲裁机构或法院提出异议，并要求挂靠公司派出合法代表出庭。这有助于保护自己的合法权益，确保仲裁或诉讼程序的公正性和有效性。
可能后果：
- 如果包工头未经授权代替挂靠公司出庭，可能会被仲裁机构或法院驳回其出庭资格，甚至可能对挂靠公司产生不利的法律后果（如被视为放弃答辩权利、承担不利判决等）。
- 如果包工头的出庭行为给挂靠公司或受伤工人造成了损失，还可能引发民事赔偿责任等法律问题。
因此，在处理此类问题时，建议各方都谨慎行事，确保出庭代表的合法性和授权的有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。