结论前置：项目合同中约定“付清尾期款项再开发票”是否可行，需结合合同性质、交易习惯及法律规定综合判断，具体分析如下：

1. 合同自由原则下的合法性
   根据《民法典》第465条，合同内容由当事人约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，该约定原则上有效。因此，若双方在合同中明确约定“尾款付清后开具发票”，且无其他违法情形，该条款具有法律效力。

2. 发票开具的法定义务与约定冲突风险
   根据《发票管理办法》第19条，销售商品、提供服务的单位和个人，在收款时应向付款方开具发票。若合同约定“先付款后开票”，需注意：

   • 若付款方已支付全部款项，但收款方以“未到约定开票时间”为由拒绝开票，可能违反法定义务，付款方可向税务机关举报或通过诉讼要求履行开票义务。
     
   • 若合同未明确约定开票时间，根据交易习惯或行业惯例，通常应在收款时同步开具发票，此时“付清尾款再开票”的约定可能因违反法定义务而被认定无效。

3. 税务合规与风险防范建议

   • 明确约定开票时间：建议在合同中细化开票条款，例如“每期款项支付后X个工作日内开具对应发票，尾款付清后X日内开具全额发票”，以平衡双方权利义务。
     
   • 避免“不开票不付款”条款：若约定“付款方未收到发票可拒付尾款”，可能因违反《民法典》第628条（买受人应按约定支付价款）而被认定无效，导致付款方承担违约责任。
     
   • 保留沟通记录：若因开票问题产生争议，需留存合同、付款凭证、沟通记录等证据，以便通过协商、调解或诉讼解决。

总结：合同中约定“付清尾款再开发票”本身不违法，但需确保不违反发票管理的强制性规定，并建议通过细化条款、保留证据等方式降低风险。若您遇到具体合同纠纷，可直接向我咨询，我将结合合同文本及交易细节提供进一步分析。