合同中备注立案地（即约定管辖法院）会直接影响诉讼程序中的管辖权归属，具体影响需结合合同条款的合法性及实际履行情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 若约定合法有效：直接确定管辖法院

根据《民事诉讼法》第35条，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的法院管辖（如被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等）。若合同中明确备注的立案地属于上述法定范围，且条款表述清晰无歧义，则发生纠纷时该法院具有唯一管辖权，双方需向约定法院提起诉讼，其他法院无权受理。

示例：
合同约定“因本合同产生的争议，由甲方所在地（北京市朝阳区）人民法院管辖”，若甲方住所地确为朝阳区，且合同履行地、签订地等与朝阳区无冲突，则该条款有效，纠纷需由朝阳区法院管辖。

2. 若约定违法或无效：按法定管辖规则处理

若合同约定的立案地不符合法定条件（如约定与争议无实际联系的地点），或存在以下情形，则条款无效，需按法定管辖规则确定法院：

• 约定两个以上法院管辖：条款无效，由被告住所地或合同履行地法院管辖；
• 约定法院与争议无实际联系：如约定“由第三方城市法院管辖”，但该城市与合同无任何关联；
• 违反级别管辖或专属管辖：如约定基层法院管辖应由中级法院审理的案件，或约定非海事法院管辖海事纠纷。

示例：
合同约定“争议由上海市浦东新区法院管辖”，但合同签订地、履行地、标的物所在地均在北京市，且双方无一方住所地在上海，则该条款因“与争议无实际联系”而无效，需按法定规则确定管辖。

3. 实务建议：如何合法约定立案地

为避免条款无效，约定立案地时需注意：

• 明确具体地点：避免使用模糊表述（如“由甲方所在地法院管辖”需明确甲方注册地或主要办事机构所在地）；
• 确保与争议有实际联系：优先选择合同履行地、签订地、标的物所在地等；
• 避免排除对方诉讼权利：如约定“由原告所在地法院管辖”可能被认为显失公平，但司法实践中仍可能被认可；
• 书面形式：口头约定无效，需以书面条款或补充协议明确。

总结：合同中备注立案地的核心作用是通过协议管辖优先确定诉讼法院，但需严格符合法定条件。若条款合法，则按约定执行；若违法，则回归法定管辖规则。建议签订合同前由律师审核条款，确保效力。如有具体合同或纠纷，可直接向我咨询细节。