合同中备注违法内容，并不直接导致整个合同作废，但违法备注部分无效，且可能影响合同整体效力，需视具体情况而定。以下从不同角度为你详细分析：

违法备注导致部分无效

1. 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。这意味着，如果合同中的备注内容违法，那么这部分备注是无效的，但合同的其他内容如果合法且不违反公序良俗，仍然具有法律效力。

2. 举例说明：假设一份买卖合同中，除了正常的交易条款外，备注中写有“买方需向卖方支付非法回扣”。这一备注明显违法，因此是无效的。但是，如果合同中的其他条款，如商品名称、数量、价格、交付方式等都是合法的，那么这些条款仍然有效，双方需要按照这些条款履行合同。

违法备注可能影响合同整体效力

1. 整体违法性：如果合同中的备注内容违法，且这种违法性渗透到合同的其他部分，导致整个合同的目的或主要条款都违法，那么整个合同可能被认定为无效。例如，如果一份合同的主要目的是进行非法交易，如贩卖毒品，那么无论备注中写了什么，整个合同都是无效的。

2. 公序良俗原则：根据公序良俗原则，如果合同中的备注内容违反了社会公共利益或道德准则，即使合同的其他部分看似合法，也可能被认定为无效。例如，合同中备注要求一方在履行合同过程中进行欺诈行为，这种备注不仅违法，也违反了公序良俗原则，可能导致整个合同无效。

法律建议

1. 审查合同内容：在签订合同前，务必仔细审查合同的所有条款和备注内容，确保它们都是合法的、不违反公序良俗的。如果发现任何违法或可疑的内容，应及时提出并修改。

2. 寻求法律帮助：如果你对合同中的某些条款或备注内容有疑问，或者担心它们可能违法，建议咨询专业律师（即我本人，曾新律师，专注于合同纠纷、刑事辩护领域）。我可以为你提供专业的法律意见，帮助你识别并避免潜在的法律风险。

3. 及时采取措施：如果合同已经签订，但你发现其中的备注内容违法，应及时与对方协商修改或解除合同。如果对方不同意修改或解除合同，你可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。