结论：本村土地互换协议中备注“永久使用权”的效力问题，需结合具体情况分析，一般来说，若协议符合法定形式要件且内容合法，则“永久使用权”的备注在协议有效期内具有法律约束力，但需注意，永久使用权并不等同于所有权，且可能受到法律对土地使用期限的限制。
分析说明：
协议形式要件：
- 根据《民法典》的相关规定，土地互换协议应当采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。若协议满足这一形式要件，则具备法律效力的基础。
- 在您的情况下，既然已经签订了互换协议，并备注了“永久使用权”，这表明双方已经就土地互换事宜达成了书面共识。
协议内容合法性：
- 协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。在土地互换协议中，备注“永久使用权”并不直接违反法律强制性规定，但需注意，这种备注并不意味着获得了土地的所有权。
- 土地所有权归国家或集体所有，个人或单位只能依法取得土地使用权。因此，“永久使用权”的备注应理解为在协议有效期内，受让方享有长期、稳定的使用权，而非所有权。
土地使用期限的限制：
- 尽管协议中备注了“永久使用权”，但实际使用期限可能受到法律对土地使用期限的限制。例如，农村宅基地的使用权通常与农户的户籍和集体经济组织成员身份相关联，且可能受到当地政策、规划等因素的影响。
- 若法律或政策对土地使用期限有明确规定，则协议中的“永久使用权”备注不得违反这些规定。否则，该备注可能因违反法律强制性规定而无效。
协议履行与变更：
- 在协议履行过程中，双方应遵守协议约定，不得擅自变更或解除协议。若因特殊情况需要变更或解除协议，应协商一致并签订书面变更或解除协议。
- 若一方违反协议约定，另一方有权要求违约方承担违约责任，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
行动建议：
- 确认协议效力：首先确认土地互换协议是否满足法定形式要件，且内容合法不违反法律强制性规定。
- 了解土地政策：了解当地对土地使用期限、宅基地分配等方面的政策规定，以确保协议内容符合政策要求。
- 咨询专业意见：若对协议效力或土地政策存在疑问，建议咨询当地土地管理部门或专业律师，以获取更准确的法律意见。
- 妥善保管协议：妥善保管土地互换协议原件，以备不时之需。在协议履行过程中，注意保留相关证据，如付款凭证、土地使用证明等。
法律后果提示：
- 若协议无效或部分无效，可能导致双方无法按照协议约定行使权利或履行义务，甚至可能引发法律纠纷。
- 若一方违反协议约定，可能需承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。因此，在签订和履行协议过程中，务必谨慎行事，确保协议内容合法、有效且可执行。
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