结论：行政复议已进入审查阶段，阅卷沟通后又以时效过期为由驳回，该行为是否程序违法需分情况讨论，若复议机关在受理时未审查时效问题，进入审查阶段后以时效过期为由驳回，可能构成程序违法；若受理时已审查并认为未超时效，后续又以超时效驳回，则明显程序违法；若受理时未明确审查时效，但有合理理由在审查阶段发现时效问题并驳回，则不一定违法。
分析说明：
行政复议的受理与审查程序：
- 行政复议机关在收到行政复议申请后，首先会进行形式审查，主要审查申请是否符合法定条件，包括申请人是否具备资格、申请事项是否属于复议范围、复议申请是否在法定期限内提出等。
- 若申请符合形式要件，复议机关会予以受理，并进入实质审查阶段，对被申请行政行为的合法性、合理性进行全面审查。
时效问题的审查时机：
- 理论上，复议机关在受理阶段就应当对复议申请的时效问题进行审查。若发现申请已超时效，应直接作出不予受理决定，而非进入审查阶段后再以时效过期为由驳回。
- 若复议机关在受理时未严格审查时效问题，导致案件进入审查阶段，后续又以时效过期为由驳回，这种做法可能违反了行政复议的法定程序，因为时效问题本应在受理阶段就得到解决。
特殊情况下的程序合法性：
- 如果复议机关在受理时虽然未明确审查时效问题，但在审查过程中发现了时效方面的疑点，并进行了进一步的调查核实，最终确认申请已超时效，此时以时效过期为由驳回，可能不构成程序违法。但这种情况需要复议机关提供充分的证据证明其在审查过程中确实对时效问题进行了合理关注和调查。
- 另外，如果申请人存在故意隐瞒或误导复议机关关于时效问题的情形，复议机关在发现后以时效过期为由驳回，也可能不构成程序违法。
行动建议：
- 若您认为复议机关的程序违法：您可以考虑向上一级行政机关或法律、法规规定的行政机关提出申诉，要求撤销或变更原驳回决定，并重新进行行政复议审查。
- 在申诉过程中：您需要提供充分的证据证明复议机关的程序违法，如受理通知书、审查过程中的沟通记录等，以支持您的申诉请求。
- 同时：您也可以咨询专业律师，获取更具体的法律建议和指导，以便更好地维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国行政复议法》及相关司法解释中关于行政复议受理、审查程序以及时效问题的规定，是判断复议机关行为是否程序违法的主要依据。虽然具体法条未直接提及您所描述的情形，但根据行政复议的法定程序和原则，可以推断出复议机关在受理阶段就应当对时效问题进行审查，并在发现超时效时及时作出不予受理决定。