合同无效时，其中约定的管辖条款在大多数情况下是有效的，但具体效力还需根据法律的具体规定和实际情况进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般原则与法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第五百零七条的规定：“合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。”这一法条为管辖条款在合同无效情况下的有效性提供了明确的法律依据。管辖条款作为解决争议的方法之一，具有相对独立性，即便合同整体无效，也不影响其效力。这一规定的目的在于预先确定纠纷解决的法院，确保争议能够有序、高效地解决。
二、管辖条款的独立性与功能
管辖条款通常被视为合同中具有独立性的条款，它不受合同其他部分效力的影响。即使合同因各种原因被认定无效，当事人关于通过何种途径、由哪个法院解决纠纷的合意仍然应当受到尊重和保护。这是因为管辖条款的核心功能是解决争议，而非履行合同的主要义务，因此其效力往往独立于合同的其他内容。
三、特殊情况下的无效情形
尽管管辖条款在大多数情况下保持有效，但也存在特殊情况可能导致其无效。例如：
违反专属管辖：如果合同中约定的管辖法院与法律强制规定的专属管辖相冲突，如不动产纠纷、港口作业纠纷或继承遗产纠纷等，该约定将无效。
违反级别管辖：若当事人约定的管辖法院不符合级别管辖的规定，如将应由中级人民法院管辖的案件约定由基层人民法院管辖，该约定同样无效。
格式条款未提示或说明：在采用格式条款订立合同时，如果提供方未遵循公平原则，或未采取合理方式提示对方注意管辖条款等与对方有重大利害关系的条款，导致对方未注意或理解相关条款，对方可主张该条款不成为合同内容，进而管辖协议无效。
约定不明确：当事人在合同中约定多个法院或未明确具体法院时，属于约定不明确。此类约定将被认定为无效。
约定的法院与争议无实际联系：若当事人约定了与争议无任何实际联系的法院管辖，该约定因不符合“与争议有实际联系”的要求而无效。
四、实践中的处理与建议
在司法实践中，法院会综合考虑管辖条款的独立性、与合同其他条款的关系、当事人的意思表示以及法律的特别规定等因素来判断其效力。如果一方当事人已经依据无效合同中的管辖约定向特定法院提起诉讼，且另一方当事人在提交答辩状期间未提出管辖权异议，法院可能会继续审理该案件。但这并不意味着该管辖约定本身是绝对有效的，而是在特定情境下的一种司法处理方式。
建议：为避免后续争议，当事人在签订合同时应明确约定管辖条款，并确保其符合法律规定。同时，对于可能存在的特殊情况，如违反专属管辖、级别管辖等，也应提前进行预判和规避。如果合同无效后发生争议，且对管辖条款的效力存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律意见。
综上所述，合同无效时约定的管辖条款通常是有效的，但具体效力需根据法律规定和实际情况进行综合判断。当事人在签订合同时应谨慎约定管辖条款，并在发生争议时及时寻求法律帮助。