员工主动离职且已办好交接手续后，工资的结清时间主要依据相关法律法规及双方约定来确定，一般情况下，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规的基本规定
根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这是保障劳动者合法权益的基本法律规定，旨在确保劳动者在付出劳动后能及时获得应得的报酬。
二、实际情况下的处理
双方有约定的情况：
- 如果劳动合同或其他书面协议中明确约定了离职后工资结清的具体时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位应按此约定向劳动者支付工资。例如，双方可能约定在办理完离职手续后的次月正常发薪日一并发放工资，只要这种约定是双方真实意思的表示，即为合法有效。
无约定的情况：
- 在没有特定约定的情况下，劳动者依法办理离职手续并完成工作交接等必要程序后，用人单位应即时或在近期内结清工资。通常，这意味着在劳动者提前通知用人单位并履行完离职相关手续后，用人单位需在离职当日或随后几天内完成工资结算。
特殊情况的处理：
- 若因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他特殊原因导致用人单位无法按时结清工资，用人单位应与劳动者进行友好协商，共同确定一个合理的支付时间，并在该期限内尽快完成支付。
- 若员工因用人单位存在未足额支付工资、未依法缴纳社会保险费等违法行为而辞职，除结清工资外，用人单位还可能需按照员工在本单位的工作年限支付经济补偿金。
三、劳动者权益保护
- 若用人单位违反相关规定，未按时结清离职员工的工资，劳动者有权采取多种法律手段维护自己的合法权益。这包括但不限于向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。劳动者应及时行动，以确保自己的经济利益得到妥善保障。
- 在整个过程中，劳动者应妥善保留相关证据，如工资条、考勤记录、沟通记录、劳动合同等，以便在维权时提供有力支持。
四、建议与提醒
- 为确保自身权益，劳动者在离职前应与公司明确工资的结算时间和方式，并尽可能将相关约定写入劳动合同或书面协议中。
- 如遇到公司无故拖欠或克扣工资的情况，劳动者应依法维权，及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，员工主动离职且已办好交接手续后，工资的结清时间需遵循相关法律法规的基本原则，并结合劳动合同中的具体约定来确定。在遇到纠纷时，劳动者应了解自身的权利与维权途径，积极采取措施保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。