如果公司要求签订补充劳动合同，但条款明显损害员工权益，员工是可以申请劳动仲裁的。以下是对此问题的详细分析：
一、补充劳动合同的法律性质
补充劳动合同，作为原劳动合同的补充或变更，同样具有法律效力。它应当遵循平等、自愿、协商一致的原则，且内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害员工的合法权益。如果补充劳动合同的条款明显损害员工权益，那么该条款可能因违反法律法规或公序良俗而无效。
二、员工权益受损的法律救济
协商与沟通：
- 在发现补充劳动合同条款损害自身权益时，员工首先应尝试与公司进行协商，表达自己的关切和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种法定方式，具有高效、便捷的特点。
- 在申请劳动仲裁时，员工需要提交相关证据，如补充劳动合同、工资单、工作记录等，以证明自己的权益受到了损害。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
三、可能涉及的法律条款
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条：用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。这一条款明确了劳动合同变更的原则和程序，即必须双方协商一致，并采用书面形式。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条：下列劳动合同无效或者部分无效：…（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；…。如果补充劳动合同的条款明显损害员工权益，如免除公司应承担的法定责任、排除员工应享有的权利等，那么该条款可能因违反此规定而无效。
四、实际操作建议
仔细审查补充劳动合同：
- 在签订补充劳动合同前，员工应仔细审查合同条款，确保自己的权益不受损害。如有疑问或不明之处，应及时向公司或专业律师咨询。
保留相关证据：
- 在协商和仲裁过程中，员工应保留好与补充劳动合同相关的所有证据，如合同文本、工资单、工作记录、沟通记录等，以备不时之需。
及时寻求法律帮助：
- 如果员工在维护自己权益的过程中遇到困难或疑问，应及时寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，如果公司要求签订的补充劳动合同条款明显损害员工权益，员工是有权申请劳动仲裁的。在实际操作中，员工应仔细审查合同条款、保留相关证据，并在必要时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。