结论：材料商在明知对方挂靠公司且知道被挂靠公司收取管理费的情况下，是否可以起诉被挂靠公司，这取决于具体的法律关系和事实情况，以下从不同角度进行分析。

1. 从合同相对性原则角度

• 法律背景：根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。在挂靠关系中，若材料商是与挂靠方（实际施工方或采购方）签订的合同，而非与被挂靠公司直接签订，那么从合同相对性原则出发，材料商原则上应向挂靠方主张权利，而非被挂靠公司。
• 法律建议：若材料商希望追究被挂靠公司的责任，需审查合同签订情况，确认是否存在突破合同相对性的特殊情形，如被挂靠公司在合同上签字、盖章或以其他方式表明其愿意承担合同责任。

2. 从表见代理或职务行为角度

• 法律背景：若挂靠方在签订合同时，以被挂靠公司的名义进行，且材料商有理由相信挂靠方有权代表被挂靠公司签订合同（如挂靠方出示了被挂靠公司的授权委托书、工作证等），则可能构成表见代理或职务行为。在此情况下，被挂靠公司可能需要承担合同责任。
• 法律建议：材料商应收集并保存能够证明挂靠方构成表见代理或职务行为的证据，如授权委托书、工作证、合同签订过程中的沟通记录等，以便在起诉时证明被挂靠公司应承担责任。

3. 从共同侵权或连带责任角度

• 法律背景：若挂靠方与被挂靠公司存在共同侵权行为（如共同欺诈、恶意串通等），或根据法律规定应承担连带责任（如挂靠方因挂靠行为导致第三方损害，被挂靠公司未尽到管理义务等），则材料商可以起诉被挂靠公司要求其承担连带责任。
• 法律建议：材料商应审查挂靠方与被挂靠公司之间的行为是否构成共同侵权或是否存在应承担连带责任的法定情形，并收集相关证据以支持其主张。

4. 从实际履行情况角度

• 法律背景：若在实际履行过程中，被挂靠公司直接参与了合同的履行（如直接支付货款、接收货物等），则可能表明被挂靠公司实际认可了合同关系，材料商可以据此主张被挂靠公司应承担合同责任。
• 法律建议：材料商应收集并保存能够证明被挂靠公司实际参与合同履行的证据，如付款凭证、收货单等，以便在起诉时证明被挂靠公司应承担责任。

后续行动建议：

• 材料商在决定是否起诉被挂靠公司前，应全面审查合同签订情况、履行情况以及挂靠方与被挂靠公司之间的关系，收集并保存相关证据。
• 若材料商认为存在起诉被挂靠公司的合理依据，建议咨询专业律师以制定具体的诉讼策略。

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