材料商在明知对方挂靠公司的情况下，能否起诉被挂靠公司，需根据具体情况分析，但通常存在起诉被挂靠公司的可能性。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠关系的法律性质
挂靠关系通常指的是一个不具备特定资质或条件的主体（挂靠方），通过借用另一个具备相应资质或条件的主体（被挂靠方）的名义，来从事某种活动或业务。在这种关系中，挂靠方以被挂靠方的名义进行活动，并可能向被挂靠方支付一定的费用。从法律性质上看，挂靠关系可能涉及合同关系、代理关系或侵权关系等多种法律关系，具体取决于挂靠活动的性质和双方之间的约定。
二、材料商起诉被挂靠公司的法律依据
合同相对性原则的突破：
- 在一般情况下，合同具有相对性，即合同的权利义务仅约束合同双方当事人。然而，在挂靠关系中，如果挂靠方以被挂靠方的名义与材料商签订合同，且材料商在签订合同时明知挂靠关系的存在，那么根据《民法典》的相关规定（如第一百七十二条关于表见代理的规定，虽不完全直接适用，但提供了类似情境下的法律思考路径），以及司法实践中的类似案例，材料商有可能突破合同相对性原则，直接起诉被挂靠公司。
- 特别是当被挂靠公司允许挂靠方以其名义进行经营活动，并从中获取利益时，被挂靠公司可能需对挂靠方的行为承担一定的法律责任。
被挂靠公司的过错责任：
- 如果被挂靠公司在挂靠关系中存在过错，如未对挂靠方的资质进行严格审查、未对挂靠方的经营活动进行必要监督等，那么材料商在因挂靠方的行为遭受损失时，有权要求被挂靠公司承担相应的赔偿责任。
司法实践中的倾向：
- 在司法实践中，法院在处理类似案件时，往往会综合考虑挂靠关系的性质、双方当事人的过错程度、损失的大小等因素，来判定被挂靠公司是否应承担责任以及承担责任的范围。因此，材料商在明知对方挂靠公司的情况下，仍有可能通过法律途径追究被挂靠公司的责任。
三、材料商起诉被挂靠公司的建议
收集证据：
- 材料商在起诉前应充分收集证据，包括与挂靠方签订的合同、送货单、结算单等，以证明其与挂靠方之间存在买卖合同关系，并证明其已履行了供货义务。
- 同时，材料商还应收集证据证明其明知挂靠关系的存在，如挂靠方以被挂靠方名义签订的合同、被挂靠方出具的授权委托书等。
明确诉讼请求：
- 材料商在起诉时应明确诉讼请求，如要求被挂靠公司支付货款、违约金或赔偿损失等。同时，应根据实际情况合理确定诉讼请求的金额，避免过高或过低。
咨询专业律师：
- 由于挂靠关系涉及的法律问题较为复杂，且不同地区的司法实践可能存在差异，因此材料商在起诉前应咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。不过，在此我已为你提供了初步的法律分析，你可以在此基础上进一步向我咨询具体细节。
四、可能面临的法律后果
- 如果材料商能够提供充分证据证明其主张，且法院认定被挂靠公司应承担责任，那么被挂靠公司可能需要支付货款、违约金或赔偿损失等。
- 如果材料商无法提供充分证据或法院认定被挂靠公司不应承担责任，那么材料商的诉讼请求可能得不到支持。
综上所述，材料商在明知对方挂靠公司的情况下，仍有可能起诉被挂靠公司并要求其承担责任。但具体能否起诉成功以及被挂靠公司是否应承担责任，需根据案件的具体情况、双方当事人的过错程度以及司法实践中的倾向等因素进行综合判断。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。