在刑事案件中，电子证据鉴定样本的确定通常是由侦查机关、检察机关或审判机关在案件办理过程中，根据案件需要和法律规定，委托具有专业资质的鉴定机构或鉴定人进行认定的。以下是对这一问题的详细分析：

一、认定主体与程序

1. 侦查机关：在刑事案件的侦查阶段，侦查机关（如公安机关）为了查明案件事实，收集证据，可能会需要对电子证据进行鉴定。此时，侦查机关会委托具有电子数据鉴定资质的鉴定机构或鉴定人，对电子证据样本进行鉴定，以确定其真实性、关联性、合法性和完整性。

2. 检察机关：在审查起诉阶段，检察机关为了对侦查机关移送的证据进行审查，确保案件质量，也可能会委托鉴定机构对电子证据样本进行重新鉴定或补充鉴定。

3. 审判机关：在审判阶段，如果控辩双方对电子证据的真实性、关联性等存在争议，审判机关可以委托鉴定机构进行鉴定，以辅助审判活动，确保案件公正审理。

二、鉴定样本的确定原则

1. 真实性原则：鉴定样本必须是原始的、未被篡改或伪造的电子数据。在确定鉴定样本时，应确保样本的来源可靠，且在整个收集、保存、传输过程中未受到任何破坏或篡改。

2. 关联性原则：鉴定样本必须与案件事实存在紧密的逻辑联系，能够对案件的认定起到实质性的证明作用。在确定样本时，应深入分析样本在案件事实链条中的地位和作用，确保其能够证明犯罪的关键要素。

3. 合法性原则：鉴定样本的收集、保存、出示等环节必须严格遵守法定程序。包括取证主体的合法性、取证程序的规范性以及证据形式的合法性。例如，侦查机关在收集电子证据时，必须出示相关法律文书，并按照规定的程序进行操作。

三、鉴定机构的资质与要求

1. 资质要求：进行电子证据鉴定的机构必须具备相应的资质和条件，包括拥有专业的鉴定人员、先进的鉴定设备和技术手段等。这些机构通常会在司法行政机关进行备案登记，并接受其监督管理。

2. 鉴定程序：鉴定机构在接受委托后，应按照规定的程序进行鉴定。这包括接收鉴定样本、进行初步审查、制定鉴定方案、实施鉴定操作、出具鉴定意见等步骤。在鉴定过程中，鉴定机构应确保鉴定方法的科学性和可靠性，并出具客观、公正的鉴定意见。

四、法律后果与责任

如果鉴定机构或鉴定人在鉴定过程中存在违法行为或过错行为，导致鉴定意见不准确或错误，可能会承担相应的法律责任。这包括民事赔偿责任、行政处罚责任甚至刑事责任等。因此，在确定电子证据鉴定样本时，应确保鉴定机构和鉴定人的资质和信誉可靠，以避免不必要的法律风险。

总结来说，刑事案件中电子证据鉴定样本的确定是一个严谨而复杂的过程，它涉及多个主体和多个环节。在实际操作中，应严格遵守法律规定和程序要求，确保鉴定样本的真实性、关联性和合法性。如果您在刑事案件中遇到电子证据鉴定相关的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。