结论前置：工程卡（通常指工程款支付凭证或相关资金卡）被用于发放工资是否违法，需分情况讨论，具体处理方式也因情况而异。

1. 若工程卡资金性质明确为工程款，且专款专用规定严格：

   • 违法性分析：工程款通常用于支付与工程项目直接相关的费用，如材料费、施工费等。若合同或相关法规明确规定工程款不得挪作他用，包括用于发放工资，则将工程卡资金用于发放工资可能构成违法或违约行为。
   • 处理方式：首先，应立即停止此类行为，避免进一步违法或违约。其次，与相关方（如发包方、监理方等）沟通，说明情况并寻求解决方案，如调整资金用途、补充合法资金来源等。最后，若已造成损失，应依法承担赔偿责任，并可能面临行政处罚或合同约定的违约责任。

2. 若工程卡资金性质未明确限制用途，或合同、法规允许一定范围内的资金调配：

   • 违法性分析：在此情况下，若工程卡资金未明确禁止用于发放工资，且调配资金未违反其他法律法规或合同约定，则将工程卡资金用于发放工资可能不构成违法行为。但需注意，这种调配应合理、透明，并确保不影响工程项目的正常进行。
   • 处理方式：首先，应确保资金调配的合法性和合理性，避免损害其他相关方的利益。其次，与相关方沟通并取得同意，确保资金调配的透明度和合规性。最后，若因资金调配引发争议或纠纷，应积极协商解决，或依法通过诉讼、仲裁等途径解决。

3. 若工程卡资金被非法获取或使用：

   • 违法性分析：若工程卡资金被非法获取（如盗窃、诈骗等）或非法使用（如挪用、贪污等），则无论资金是否用于发放工资，均构成违法行为。
   • 处理方式：首先，应立即向公安机关报案，配合调查并追回损失。其次，若涉及内部人员违法违纪，应依法依规进行处理，包括但不限于开除、移送司法机关等。最后，加强内部管理，完善资金监管制度，防止类似事件再次发生。

额外建议：在实际操作中，为避免法律风险和纠纷，建议企业在使用工程卡资金时严格遵守相关法律法规和合同约定，确保资金的合法性和合规性。若对资金用途有疑问或不确定，应及时咨询专业律师或相关机构以获取准确指导。您有任何法律疑问，都可以直接向我咨询。