安全生产责任书可以由甲方部门和乙方公司签订，但需满足一定条件并注意相关事项。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同主体资格与合同效力

1. 甲方部门签订合同的资格：

   • 通常情况下，合同应由具有独立法人资格的主体签订。然而，在建设工程等领域，甲方（如建设单位或总承包单位）的部门（如项目部、安全管理部门等）在获得甲方明确授权的情况下，可以代表甲方签订安全生产责任书。
   • 若甲方部门未获得明确授权，则其签订的安全生产责任书可能因主体不适格而面临效力争议。但实践中，若乙方公司明知或应知甲方部门无授权仍签订，且合同内容不违反法律强制性规定，该合同仍可能被认定为有效，但存在法律风险。

2. 乙方公司签订合同的资格：

   • 乙方公司作为具有独立法人资格的主体，完全具备签订安全生产责任书的资格。

二、合同内容与条款设置

1. 明确双方权利义务：

   • 安全生产责任书应明确甲方部门和乙方公司在安全生产方面的具体权利、义务和责任。例如，甲方部门应提供必要的安全生产条件，乙方公司应遵守安全生产规章制度，确保施工安全等。

2. 约定违约责任与争议解决方式：

   • 合同中应明确约定违约责任，包括违约金的数额或计算方式、赔偿范围等。同时，应约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

三、实际操作中的注意事项

1. 确保甲方部门获得明确授权：

   • 为避免法律风险，甲方应确保其部门在签订安全生产责任书前获得明确授权，并在合同中注明授权范围和期限。

2. 审查乙方公司资质与信誉：

   • 甲方部门在签订合同前，应对乙方公司的资质、信誉和安全生产能力进行审查，确保乙方公司具备履行合同的能力。

3. 合同备案与公示：

   • 根据相关规定，某些类型的安全生产责任书可能需要向相关部门备案或公示。甲方部门和乙方公司应了解并遵守这些规定，以确保合同的合法性和有效性。

四、法律后果与风险防范

1. 法律后果：

   • 若安全生产责任书因主体不适格、内容违法或违反公序良俗等原因被认定为无效，双方可能面临无法依据合同主张权利的风险。此外，若因安全生产事故导致人员伤亡或财产损失，双方还可能承担相应的法律责任。

2. 风险防范：

   • 为防范法律风险，双方在签订安全生产责任书前应充分了解相关法律法规和政策要求，确保合同内容合法合规。同时，双方应加强沟通与协作，共同落实安全生产责任，确保施工安全。

总结来说，安全生产责任书可以由甲方部门和乙方公司签订，但需确保甲方部门获得明确授权，并注意合同内容与条款设置、实际操作中的注意事项以及法律后果与风险防范。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。