结论前置：楼顶种菜的行为，若未经全体业主同意且违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，物业公司有权进行制止和清除。
一、楼顶使用权归属的法律分析
专有使用权情况：
- 若业主通过购房合同、产权登记等合法方式取得了楼顶的专有使用权（如顶层复式房屋且合同中明确约定），则业主对楼顶享有一定的自主使用和处分权。在此情况下，业主的种菜行为若不违反法律法规且不损害其他业主合法权益，物业一般无权擅自清除。
共有部分情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，小区楼顶作为共用设施，通常属于全体业主的共有部分。因此，擅自在楼顶种菜属于改变共用设施用途的行为，违反了《物业管理条例》中关于不得改变公共建筑和共用设施用途的规定。
二、物业公司权利与义务的法律依据
权利：
- 物业公司对于违反规定在楼顶种菜的行为有权制止，并要求违规业主停止侵权行为、恢复原状。这是基于维护全体业主合法权益和物业管理秩序的需要。
义务：
- 物业公司需对物业管理区域内违反相关法律法规的行为进行制止，并及时向有关行政管理部门报告。对于楼顶种菜这一违规行为，物业公司有义务采取相应措施予以制止。
三、实际操作建议
调查与沟通：
- 物业公司应首先对楼顶种菜情况进行详细调查，并尝试与违规业主进行沟通，了解其种菜的原因和意愿，尝试通过协商的方式解决问题。
明确告知与规定：
- 物业公司应向全体业主明确告知楼顶空间的产权归属、使用规定以及违规种菜的后果。同时，可以在物业服务合同中或小区管理规定中明确禁止在楼顶擅自种菜的行为。
制止与清除：
- 对于拒不改正的违规业主，物业公司有权依据相关法律法规和物业服务合同的约定进行强制清除。在清除过程中，应确保合法合规，避免引发不必要的纠纷。
综上所述，楼顶种菜的行为需根据具体情况来判断物业是否有权清除。但总体上，若该行为违反了相关法律法规或物业服务合同的约定，且损害了全体业主的共同利益，物业公司有权进行管理和清除。如果你在此方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。