结论：员工乙肝小三阳在治疗期合同到期，用人单位是否可以不续签需分情况讨论，具体如下：
若员工不存在法定不得解除或终止劳动合同的情形：
- 根据《劳动合同法》第四十四条，劳动合同期满的，劳动合同终止。但同时，《劳动合同法》第四十二条也规定了某些特殊情形下，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同，且在劳动合同期满时，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止。然而，乙肝小三阳本身，并不直接等同于这些法定不得解除或终止劳动合同的情形（如从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间；在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力；患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内；女职工在孕期、产期、哺乳期；在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年；法律、行政法规规定的其他情形）。
- 如果员工乙肝小三阳并未导致其处于规定的医疗期内，或者不属于其他法定不得终止劳动合同的情形，那么用人单位在合同到期时，有权选择不续签劳动合同。但需注意，用人单位应依法支付经济补偿金，按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
若员工处于法定医疗期内：
- 如果员工因乙肝小三阳治疗而处于法定医疗期内，根据《劳动合同法》第四十五条，劳动合同应当续延至医疗期满时终止。在此情况下，用人单位不得因合同到期而直接终止劳动合同，必须等待医疗期满后再行处理。
- 若用人单位在医疗期内违法终止劳动合同，员工有权要求用人单位继续履行劳动合同，或者要求用人单位支付赔偿金（赔偿金的标准为经济补偿金的两倍）。
建议：
- 对于用人单位而言，在处理此类情况时，应首先确认员工是否处于法定医疗期内，以及是否存在其他法定不得终止劳动合同的情形。若不存在这些情形，用人单位可以依法选择不续签劳动合同，并支付相应的经济补偿金。
- 对于员工而言，若认为用人单位的行为违法，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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