结论前置：仲裁时效过了，法院并不会直接判决劳动关系的存在与否，而是会先审查仲裁时效问题。若用人单位提出时效抗辩且法院认定时效已过，劳动者将失去通过仲裁程序维护权益的权利，但法院仍会受理诉讼并依据事实和法律进行裁判，只是此时劳动者可能面临败诉风险。
一、仲裁时效的法律规定与适用
时效期间：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定适用于大多数劳动争议情况，包括确认劳动关系之争。
特殊规定：
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但劳动关系终止后，劳动者应自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请。不过，这一特殊规定主要针对劳动报酬争议，对于确认劳动关系的争议，仍适用一般的一年时效期间。
时效中断与中止：
- 若当事人一方向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济，或对方当事人同意履行义务，将导致仲裁时效中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 因不可抗力或有其他正当理由导致劳动者不能在仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
二、法院对仲裁时效的审查与认定
审查时效的起算点：
- 法院会综合各种因素判断劳动者何时处于应当知晓权利被侵害的状态，如用人单位明确表示拒绝确认劳动关系、违法解除劳动合同通知送达劳动者等明确的侵权信号出现之时。
对用人单位时效抗辩的审查：
- 法院遵循不告不理原则，只有用人单位在诉讼中明确提出劳动仲裁时效已过的抗辩，法院才会对时效问题进行审查。
- 用人单位需证明劳动者知道或应当知道权利被侵害的具体时间，并证明不存在导致时效中断、中止的情形，其抗辩理由方为合理。
举证责任分配：
- 劳动者需对仲裁时效存在中止、中断的情形承担举证责任，如提供邮件记录、短信、会议纪要等相关证据，证明其在时效期间内曾向用人单位主张过权利或寻求过救济。
- 用人单位若主张时效未中断、中止，也需提供相应证据支持其观点。
超过时效的后果：
- 超过仲裁时效后，劳动者将失去通过仲裁程序维护自身权益的权利（胜裁权）。这意味着，如果劳动者在时效期间内未提出仲裁申请，且用人单位提出时效抗辩，劳动者可能面临败诉的风险。
- 但劳动者仍然可以向人民法院提起诉讼，法院将依据相关法律法规进行裁判。不过，此时法院在审查案件时，会首先考虑仲裁时效问题。如果法院认定仲裁时效已过，且用人单位提出抗辩，那么劳动者可能因超过时效而败诉。
三、法院对劳动关系的裁判
- 法院在受理劳动争议诉讼后，会依据事实和法律对劳动关系进行裁判。这包括审查劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录等证据，以确定双方是否存在劳动关系。
- 然而，如果仲裁时效已过且用人单位提出抗辩，法院在裁判时可能会考虑这一因素。尽管法院不会仅因超过仲裁时效就拒绝受理或裁定驳回起诉，但时效问题可能成为影响裁判结果的重要因素之一。
四、建议与风险提示
及时行使权利：
- 劳动者在知道或应当知道其权利被侵害后，应及时行使权利，避免超过仲裁时效而丧失通过法律途径解决争议的机会。
保留证据：
- 劳动者应保留好与用人单位之间的沟通记录、工资支付记录、社保缴纳记录等证据，以备在仲裁或诉讼中使用。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：
- 如果你在劳动争议中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
综上所述，仲裁时效过了并不会直接导致法院判决劳动关系的存在与否。法院会先审查仲裁时效问题，并根据审查结果和事实证据进行裁判。因此，劳动者在面临劳动争议时应及时行使权利并保留好相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。