针对您提出的“交通事故逃逸后第二天自首，但发现醉驾怎么办，醉驾应当认定吗”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、醉驾的认定
醉驾的认定主要依据驾驶员的血液酒精含量。根据法律规定，如果驾驶员的血液酒精含量超出了法定标准，那么就可以判定为醉驾。这一标准是客观且明确的，不因驾驶员的主观意愿或后续行为而改变。因此，在您描述的情况下，如果经过血液酒精含量检测，发现您的酒精含量超标，那么醉驾的事实是应当被认定的。
二、肇事逃逸的认定
肇事逃逸是指驾驶员在事故发生后，未履行立即停车、保护现场、抢救受伤人员或报警的义务，而选择逃离现场的行为。在您的情况中，如果您在事故发生后选择了逃离，那么这一行为就构成了肇事逃逸。
三、自首的认定
自首的认定需要满足以下条件：
主动投案：您需要在尚未受到讯问、未被采取强制措施或未被群众扭送前，主动将自己置于司法机关的控制之下。这包括在逃逸过程中或逃逸后的主动投案。在您的情况中，您第二天选择了自首，这一行为符合主动投案的要求。
如实供述自己的罪行：您需要如实交代自己的主要犯罪事实，包括饮酒情况、事故发生经过、逃逸过程等关键信息。这是自首认定中的重要环节，也是体现您悔罪态度的重要表现。
接受审查和裁判：在投案并如实供述后，您必须随时听候司法机关的传唤，接受侦查、起诉和审判，不得逃避。这是自首认定的最后一步，也是确保您能够真正承担法律责任的关键。
四、综合判断与结论
在您的情况下，如果您在事故发生后选择了逃逸，但第二天又主动向司法机关投案，并如实供述了自己的醉驾肇事逃逸行为，同时满足了自首的所有条件，那么您可以被认定为醉驾肇事逃逸后自首。
然而，需要强调的是，虽然自首是法定的从轻或减轻处罚的情节，但醉驾肇事逃逸本身是一种严重的违法行为，对公共安全和社会秩序造成了极大威胁。因此，即使您自首了，也必须依法承担相应的法律责任。司法机关在处理此类案件时，会综合考虑自首情节与犯罪行为的严重性，确保判决既体现法律的宽严相济原则，又维护社会公平正义。
综上所述，醉驾在您的情况下是应当被认定的，但如果您符合自首的条件，可以在量刑时得到一定的从轻或减轻处理。希望这一解答能够对您有所帮助。