关于公务员培训机构收集准考证是否合法的问题，这主要涉及到个人隐私保护和机构合规经营两个方面。

首先，从个人隐私保护的角度来看，准考证上通常包含考生的个人信息，如姓名、身份证号、报考职位等，这些信息属于个人隐私范畴，受到法律的保护。因此，任何机构或个人在未经考生明确同意的情况下，都不应擅自收集、使用或泄露这些信息。

其次，从机构合规经营的角度来看，公务员考试培训机构应当遵循公开、公平、诚实、信用的原则，在登记机关核准的经营范围内开展培训活动。根据市场监管部门发布的关于公务员考试培训机构合规经营的提示，机构不得制作、发布含有虚假或引人误解内容的广告，也不得采取不正当手段诱导考生报名或侵害考生的合法权益。虽然这些提示中并未直接提及收集准考证的问题，但可以推断，如果机构未经考生同意擅自收集准考证，很可能构成对考生个人信息的非法获取和使用，从而违反相关法律法规和合规经营的要求。

因此，公务员培训机构在未经考生明确同意的情况下，擅自收集准考证是不合法的。考生在选择培训机构时，应仔细核实其资质和合规经营情况，避免个人信息被非法获取和使用。如果发现机构存在违规行为，应及时向相关部门投诉举报，以维护自己的合法权益。

同时，也建议考生在保护个人隐私方面保持警惕，不要轻易将个人信息泄露给不可信的机构或个人。在提供个人信息时，应仔细阅读相关协议和条款，确保自己的权益得到充分保障。